Он признавал справедливость критики, направленной реформаторами на управление Церковью, и если бы церковные поправки были единственным препятствием для примирения, он мог бы положить конец Реформации. В 1535 году он послал Пьерпаоло Верджерио узнать у протестантских лидеров о возможности участия во всеобщем соборе, но тот не обещал допустить существенных изменений в установленной вере или в авторитете пап. Вергерио вернулся из Германии не с пустыми руками, так как сообщил, что католики там присоединились к протестантам, сомневаясь в искренности намерений папы предложить собор,6 и что эрцгерцог Фердинанд жаловался, что не может найти ни одного исповедника, который не был бы блудником, пьяницей или невеждой.7 Павел повторил попытку в 1536 году; он поручил Питеру ван дер Ворсту договориться с лютеранами о соборе, но Питер получил отпор со стороны курфюрста Саксонии и ничего не добился. Наконец Павел предпринял кульминационную для Церкви попытку достичь взаимопонимания со своими критиками: он послал на конференцию в Ратисбон кардинала Гаспаро Контарини, человека, не вызывавшего сомнений в искренности католического движения за реформы.
Мы не можем не выразить сочувствия старому кардиналу, который в феврале и марте 1541 года отважно преодолевал снега Апеннин и Альп, стремясь увенчать свою жизнь организацией религиозного мира. Всех в Ратисбоне поразили его скромность, простота и доброжелательность. Со святым терпением он выступал посредником между католиками Экком, Пфлугом и Гроппером и протестантами Меланхтоном, Буцером и Писториусом. Было достигнуто соглашение по вопросам первородного греха, свободы воли, крещения, конфирмации и святых орденов, и 3 мая Контарини радостно написал кардиналу Фарнезе: "Да будет прославлен Бог! Вчера католические и протестантские богословы пришли к соглашению по доктрине оправдания". Но в вопросе о Евхаристии приемлемого компромисса найти не удалось. Протестанты не хотели признавать, что священник может превратить хлеб и вино в Тело и Кровь Христа, а католики считали, что отказ от транссубстанциации означает отказ от самого сердца Мессы и римского ритуала. Контарини вернулся в Рим, измученный неудачей и горем, и был заклеймен как лютеранин жесткими ортодоксальными последователями кардинала Караффы. Павел и сам не был уверен, что сможет принять формулы, подписанные Контарини; однако он оказал ему дружеский прием, и назначил его папским легатом в Болонье. Там, через пять месяцев после его прибытия, Контарини умер.
Религиозная политика становилась все более мутной и запутанной. Павел задавался вопросом, не приведет ли примирение протестантов с церковью к тому, что Карл V получит настолько единую и мирную Германию, что император сможет повернуть на юг и соединить свои северные и южные итальянские владения, присвоив папские государства и покончив с временной властью пап. Франциск I, также опасаясь умиротворения Германии, обвинил Контарини в том, что тот позорно сдался еретикам, и обещал Павлу полную поддержку, если папа решительно откажется от мира с лютеранами8-с которыми Франциск искал союза. Павел, по-видимому, решил, что религиозное взаимопонимание будет политически губительным. В 1538 году с помощью блестящей дипломатии он заставил Карла и Франциска подписать перемирие в Ницце; затем, обеспечив Карлу безопасность на западе, он призвал его обрушиться на лютеран. Когда Карл приблизился к победе (1546), Павел отозвал папский контингент, который отправил ему навстречу, поскольку снова затрепетал, чтобы у императора, не имеющего в тылу протестантской проблемы, не возникло искушения покорить всю Италию. Папа стал протестантом pro-tempore и рассматривал лютеранство как защитника папства - так же, как Сулейман был защитником лютеранства. Тем временем другой его щит против Карла - Франциск I - вступал в союз с турками, которые неоднократно угрожали вторгнуться в Италию и напасть на Рим. Можно простить некоторую нерешительность папы, которого преследовали и осаждали, который был вооружен горсткой войск и защищался верой, которую, казалось, лелеяли только слабые. Мы понимаем, насколько малую роль играла религия в этой борьбе за власть, когда слышим комментарий Карла папскому нунцию, узнавшему, что Павел обращается к Франции: папа, сказал император, подхватил в старости инфекцию, которую обычно приобретают в молодости, morbus gallicus, французскую болезнь.9