Наполеон подал вдохновляющий пример того, как войну можно сделать платной, и его безрассудные операции отчасти стали причиной военных бед, постигших Францию в период упадка Директории. Он слишком быстро и поверхностно подчинил Италию французскому протекторату и оставил свои завоевания в руках подчиненных, которым не хватало его успокаивающей тонкости и дипломатического мастерства. Он слишком оптимистично рассчитывал на готовность новых итальянских республик заплатить Франции за свободу от Австрии. Он недооценил, с какой энергией Англия будет сопротивляться французской оккупации Мальты и Египта. Как долго будет сопротивляться разгромленная Турция приглашениям своих древних врагов, России и Австрии, присоединиться к ним в дисциплинировании этих революционеров-нуворишей? Как долго раздел Польши будет держать Россию, Пруссию и Австрию слишком занятыми на востоке, чтобы восстановить божественное право королей на западе?
Почти все монархи Европы следили за возможностью возобновить нападение на Францию. Они увидели его, когда Наполеон отправил себя и 35 000 лучших французских войск в Египет; они воспользовались им, когда эта армия, казалось, была надежно заперта в тюрьме благодаря победе Нельсона при Абукире. Царь Павел I принял избрание гроссмейстером Мальтийских рыцарей и обязался изгнать французов с этого важнейшего острова. Он предложил свою помощь Фердинанду IV в захвате Неаполя. Он мечтал найти дружественные порты для русских кораблей в Неаполе, на Мальте и в Александрии и тем самым сделать Россию средиземноморской державой. 29 декабря 1798 года он подписал союз с Англией. Когда император Франциск II предоставил свободный проход через австрийскую территорию для русской армии, двигавшейся к Рейну, Франция объявила Австрии войну (12 марта 1799 года). После этого Австрия присоединилась к России, Турции, Неаполю, Португалии и Англии во Второй коалиции против Франции.
Слабость Директории проявилась в этом конфликте, который она спровоцировала и могла предвидеть. Она запоздала с подготовкой, неудачно распорядилась военными финансами и неуклюже провела призыв. Она призвала 200 000 человек, но нашла только 143 000 из них годными к службе; из них только 97 000 повиновались призыву; тысячи из них дезертировали по дороге, так что только 74 000 добрались до своих полков. Там они обнаружили хаотичную нехватку одежды, снаряжения и оружия. Дух, который когда-то одушевлял армии республики, покинул этих людей, переживших годы национального беспорядка и разочарования. Безжалостная решимость и дисциплина, с которыми Комитет общественной безопасности планировал и вел войну в 1793 году, отсутствовали в Директории, возглавившей Францию в 1798 году.
Были и первые, обманчивые успехи. Пьемонт и Тоскана были завоеваны, оккупированы и обложены налогами. Победа короля Фердинанда IV, изгнавшего французов из Рима, была аннулирована французами под командованием Жана-Этьена Шампионне, которые вошли в Рим 15 декабря. Фердинанд и его двор с леди Гамильтон и двадцатью миллионами дукатов отступили в Палермо под защиту флота Нельсона. Шампионне захватил Неаполь и основал Парфенопейскую республику под протекторатом Франции. По мере продолжения войны, когда к русско-австрийско-английским войскам присоединялись новые контингенты, французские войска оказались в меньшинстве 320 000 против 170 000. Французским генералам, несмотря на блестящие операции Массены в Швейцарии, не хватало способности Бонапарта преодолеть численное превосходство с помощью стратегии, тактики и дисциплины. Журдан потерпел поражение при Штокахе (25 марта 1799 года), отступил к Страсбургу и подал в отставку. Шерер потерпел поражение при Маньяно (5 апреля), в беспорядке отступил, потерял почти всю свою армию и передал командование Моро. Затем прибыл настоящий "дьявольский человек" Александр Суворов с восемнадцатью тысячами русских и повел их и несколько австрийских дивизий в жестокую кампанию, отвоевывая у французов одну за другой области, которые Наполеон завоевал в 1796-97 годах; 27 апреля он победоносно вошел в Милан; Моро отступил в Геную; Цизальпинской республике Наполеона пришел ранний конец. Оставшись в Швейцарии в одиночестве со своей небольшой армией, Массена оставил свои завоевания и отошел к Рейну.