В Яффо (3 марта) они были остановлены обнесенным стеной городом, враждебным населением и цитаделью, которую защищали 2700 мужественных турок. Наполеон послал к ним эмиссара, чтобы предложить условия; они были отвергнуты. 7 марта французские саперы пробили брешь в стене; французские войска ворвались внутрь, перебили сопротивляющееся население и разграбили город. Наполеон послал Эжена де Богарне восстановить порядок; он предложил безопасный выход всем, кто сдастся; войска цитадели, чтобы спасти город от дальнейшего опустошения, сдали оружие и были приведены в качестве пленников к Наполеону. Тот в ужасе вскинул руки. "Что я могу с ними сделать?" - спросил он. Он не мог взять с собой в поход 2700 пленных; его люди должны были сами добывать себе еду и питье. Он не мог выделить достаточно многочисленную охрану, чтобы доставить турок в тюрьму в Каире. Если бы он освободил их, ничто не помешало бы им снова сражаться с французами. Наполеон созвал совет своих офицеров и попросил их высказать свое мнение. Они решили, что лучший выход - убить пленных. Около трехсот человек пощадили; 2441 человек (включая гражданских лиц всех возрастов и обоих полов) были расстреляны или заколоты штыками, чтобы сэкономить боеприпасы.74
Захватчики двинулись в поход и 18 марта достигли сильно укрепленного города Акко. Турецкое сопротивление возглавлял Джеззар-паша, которому помогал Антуан де Фелиппо - однокашник Наполеона по Бриенну. Французы осадили форт, не имея осадной артиллерии, которая была отправлена им морем из Александрии; английская эскадра под командованием сэра Уильяма Сидни Смита захватила эти орудия, доставила их в форт, а затем снабжала гарнизон продовольствием и снаряжением во время осады. 20 мая, после двухмесячных усилий и тяжелых потерь, Наполеон приказал отступить в Египет. "Фелиппо, - скорбел он, - задержал меня перед Акко. Если бы не он, я был бы хозяином ключа к Востоку. Я бы дошел до Константинополя и восстановил бы Восточную империю".75 В 1803 году, не предвидя 1812 года, он сказал госпоже де Ремюзат: "Мое воображение умерло в Акко. Я никогда больше не позволю ему мешать мне".76
Обратный путь вдоль побережья был чередой трагических дней, когда марши между колодцами иногда длились по одиннадцать часов, чтобы найти почти не пригодную для питья воду, которая отравляла организм и едва утоляла жажду. Тяжелая ноша раненых или больных чумой людей замедляла шествие. Наполеон попросил врачей вводить смертельные дозы опиума неизлечимо больным; они отказались, и Наполеон отозвал свое предложение.77 Он приказал перевести всех лошадей на перевозку больных, а своим офицерам показал пример пешего марша.78 14 июня, пройдя триста миль от Акко за двадцать шесть дней, измученная армия триумфально вошла в Каир, выставив семнадцать вражеских знамен и шестнадцать пленных турецких офицеров в доказательство того, что экспедиция увенчалась гордым успехом.
11 июля сто судов перебросили в Абукир армию турок, которым было поручено изгнать французов из Египта. Наполеон двинулся на север со своими лучшими войсками и нанес туркам столь ошеломляющее поражение (25 июля), что многие из них бросились в море, не желая встречаться с наступающей французской кавалерией.
Из английских газет, присланных ему Сиднеем Смитом, Наполеон с изумлением узнал, что Вторая коалиция держав вытеснила французов из Германии и захватила почти всю Италию от Альп до Калабрии.79 Все здание его побед рухнуло в череде катастроф от Рейна и По до Абукира и Акры; и теперь, в унизительном поединке, он обнаружил себя и свои поредевшие легионы запертыми во вражеском тупике, где для их уничтожения потребуется совсем немного времени.
Примерно в середине июля он получил от Директории приказ, отправленный ему 26 мая, немедленно вернуться в Париж.80 Он решил каким-то образом вернуться во Францию, невзирая на наседавших англичан, проложить себе путь к власти и сместить нерадивых лидеров, позволивших так быстро аннулировать все его успехи в Италии. Вернувшись в Каир, он привел в порядок военные и административные дела и назначил неохотного Клебера командовать избитыми остатками египетской мечты. Казна армии была пуста, а долг составлял шесть миллионов франков; жалованье солдатам задолжали четыре миллиона; их численность, их моральный дух падали с каждым днем, в то время как их неохотные хозяева увеличивали силы и с молчаливым терпением ждали новой возможности для восстания. В любой момент правительства Турции и Великобритании могли направить в Египет войска, которые, при поддержке туземцев, рано или поздно довели бы французов до беспомощной капитуляции. Наполеон знал все это и мог оправдать свой отъезд только тем, что он был нужен в Париже и получил приказ вернуться. Прощаясь с войсками (каждому из которых он обещал по шесть гектаров земли после триумфального возвращения домой), он поклялся: "Если мне посчастливится добраться до Франции, то правление этих болтунов [баварцев] будет закончено".81 и помощь придет к этим застывшим завоевателям. Но она так и не пришла.