Из этого центра он издавал приказы об управлении Египтом арабскими диванами (комитетами), подчиненными ему. Он не допускал грабежей со стороны своих войск и защищал существующие права собственности, но продолжал взимать и присваивать для содержания своей армии налоги, которые обычно взимались мамлюкскими завоевателями. Он сел за стол переговоров с туземными вождями, выразил уважение к исламским обрядам и искусству, признал Аллаха единственным богом и попросил мусульманской помощи в достижении нового процветания Египта. Он призвал своих ученых разработать методы борьбы с чумой, внедрить новые отрасли промышленности, улучшить египетское образование и юриспруденцию, наладить почтовые и транспортные услуги, отремонтировать каналы, контролировать ирригацию и соединить Нил с Красным морем. В июле 1799 года он объединил местных и французских ученых в Институт Египта и выделил для него просторные помещения в Каире. Именно эти ученые подготовили двадцать четыре массивных тома, профинансированных и изданных французским правительством под названием "Описание Египта" (1809-28). Один из этих людей, известный нам только под именем Бушар, нашел в 1799 году в городе в тридцати милях от Александрии Розеттский камень, чья надпись на двух языках и тремя шрифтами (иероглифическим, демотическим и греческим) позволила Томасу Янгу (1814) и Жану-Франсуа Шампольону (1821) создать метод перевода иероглифических текстов, открыв тем самым для "современной" Европы поразительно сложную и зрелую цивилизацию Древнего Египта. Это был главный и единственный значимый результат наполеоновской экспедиции.
На какое-то время ему позволили насладиться гордостью завоеваний и изюминкой управления. Позднее, оглядываясь назад, он сказал мадам де Ремюзат:
Время, проведенное в Египте, было самым восхитительным в моей жизни..... В Египте я оказался свободен от утомительных ограничений цивилизации. Я мечтал о самых разных вещах и видел, как все, о чем я мечтал, может быть осуществлено. Я создал религию. Я представлял себя на пути в Азию, верхом на слоне, с тюрбаном на голове и с новым Кораном в руках, который я должен был составить в соответствии со своими собственными идеями..... Я должен был напасть на английскую державу в Индии и своими завоеваниями возобновить отношения со старой Европой..... Судьба распорядилась против моей мечты.71
Первым ударом судьбы стала информация, переданная ему помощником декампа Андоша Жюно, о том, что Жозефина завела любовника в Париже. Великий мечтатель, при всем своем интеллектуальном блеске, не учел, как тяжело будет такому тропическому растению, как Жозефина, в течение многих месяцев без ощутимого признания ее прелестей. Несколько дней он скорбел и бушевал. Затем, 26 июля 1798 года, он отправил отчаянное письмо своему брату Жозефу:
Возможно, через два месяца я снова буду во Франции..... Дома у меня много поводов для беспокойства.... Ваша дружба очень много значит для меня; если бы я потерял ее и увидел, что вы меня предали, я бы стал полным мизантропом....
Я хочу, чтобы к моему возвращению вы подготовили для меня загородный дом, либо в Бургундии, либо под Парижем. Я рассчитываю провести там зиму и ни с кем не встречаться. Меня тошнит от общества. Мне нужно одиночество, изоляция. Мои чувства иссякли, и мне надоела публичная демонстрация. Я устал от славы в двадцать девять лет; она потеряла свое очарование, и мне не остается ничего, кроме полного эгоизма.....
Прощай, мой единственный и неповторимый друг.... Моя любовь твоей жене и Джерому.
Чтобы хоть как-то отвлечься, он взял в любовницы молодую француженку, которая последовала за своим мужем-офицером в Египет. Полина Фурэс не могла устоять перед интересом Наполеона к ее красоте; она отвечала на его улыбки и не выразила непреодолимого протеста, когда он расчистил себе дорогу, отправив мсье Фурэса с миссией в Париж. Когда муж узнал причину своего отличия, он вернулся в Каир и развелся с Полиной. Наполеон тоже подумывал о разводе, и у него мелькнула мысль жениться на Полине и завести наследника; но он обошелся без слез Жозефины. Полина была утешена солидным подарком и пережила несчастье на шестьдесят девять лет.