После смерти Александра, верховного жонглера, в 1825 году отношения между Россией и ее польским пограничьем стремительно ухудшились. Причины трений остались прежними, но обе стороны были менее склонны к компромиссу. Николай I развеял иллюзии, культивируемые его братьями и лелеемые поляками, о том, что Россия может отделить Литву от центрального управления и присоединить ее к королевству. Он выступил против этой идеи, поскольку она "нарушила бы территориальную целостность империи". Николай приступил к русификации Литовского армейского корпуса, очищению гражданской администрации от поляков и лишил Виленский учебный округ власти над школами в Могилевской, Витебской и Минской губерниях. Он также начал кампанию по присоединению униатов к Офциальной православной церкви. Спорная территория старого Великого княжества Литовского (поляки называли ее Кресы) будет оставаться костью раздора между поляками и русскими на протяжении более чем столетия.
Вторым важным вопросом, раздиравшим обе стороны, было возникновение тайных обществ и юрисдикция над судебными процессами по политическим делам. Вступив на престол, Николай потребовал расследования деятельности подпольного Польского патриотического общества, которое было частично подавлено в последние годы правления Александра, но поддерживало тайные связи с декабристами. Мягкие приговоры, вынесенные польскими властями на их публичных процессах, вызвали длительную судебную тяжбу. Царь в конце концов вмешался, отчитал Сенат и распорядился о повторном рассмотрении дела нескольких обвиняемых в российском суде. Несмотря на эти и другие противоречия, ни Николай, ни его брат Константин Павлович не проявляли намерения упразднить Царство Польское или уничтожить его основные институты управления. Не питали революционных устремлений и ведущие польские сторонники примирения, такие как Чарторыйские, Любецкие, большинство чиновников в правительстве и представителей в сейме. Но не без оснований каждый из них подозревал другого в стремлении различными способами изменить правящие институты в сторону большей или меньшей автономии. Когда небольшая группа заговорщиков прибегла к насилию, пропасть, разделявшая ответственных руководителей польского и российского правительств, оказалась слишком велика, чтобы преодолеть ее с помощью примирительных мер. Большая часть польской шляхты присоединилась к радикалам во время восстания 1830 года.
После подавления восстания в 1832 году Николай установил режим, который он, вероятно, предпочитал еще до его начала. Царство сохранило свой титул, но мало что осталось от замысла Александра. На смену конституционным документам пришел Органический статут, но даже его положения так и не были полностью реализованы. Царство было разделено на российские губернии, а административная структура сведена к оболочке. Правителем стал фельдмаршал И.Ф. Паскевич, хорошо известный полякам как "Могилевский гончий". Польская армия была расформирована, а ее солдаты вошли в состав русских полков, служивших на Кавказе. Возможно, до 10 % помещичьих имений были конфискованы; 80 000 поляков были депортированы в Сибирь; еще 10 000 уехали за границу, чтобы присоединиться к "Великому переселению".
После этого российская бюрократия попыталась ослабить абсолютную власть дворянских помещиков над русинским крестьянством и погасить любую искру польского культурного возрождения на Украине. Под патерналистским управлением генерал-губернатора Д. Г. Бибикова (1838-1852 гг.) Законы об инвентаре (1847 г.) детально регламентировали обязанности и обязательства помещиков и крестьян. Для того времени это был необычайно смелый и новаторский шаг, забюрократизировавший аграрные отношения и создавший прецедент государственного вмешательства в масштабах всей империи.
Борьба за контроль помогла подготовить почву для отмены крепостного права десятилетием позже. Бибиков также начал наступление на социальный статус шляхты, лишив 340 000 безземельных дворян их титулов. Гекон конфисковал имущество крупных католических монастырей и заставил 130 000 униатов вернуться в православие. Он завершил свою централизаторскую политику в области образования и религиозных дел, заставив крупнейших помещиков отдать своих сыновей на императорскую службу.
Поляки продолжали конкурировать с русскими в единственной области, где они все еще сохраняли преимущество, - в сфере высшего образования. Польские студенты стекались в недавно основанный университет Святого Владимира в Киеве, а также в пропорционально большом количестве поступали в Московский университет. Министр просвещения России граф Уваров, придерживаясь осторожного курса, предпринял несколько пробных шагов по содействию образованию поляков, которые, по его мнению, могли бы поступить на императорскую службу и, возможно, даже противостоять влиянию экстремистов. Но его политика не была последовательной и не казалась очень эффективной.