Александр рассчитывал, что сочетание доброжелательности и благосклонности со стороны российских представителей в Варшаве и уступчивости польской элиты стабилизирует ситуацию в королевстве. Его постигло разочарование по обоим пунктам. Когда Великопольский попытался возобновить свою программу реформ, его администрация потерпела крах перед лицом восстания 1863 года. Когда вспыхнули бои, как и в 1830 году, польские умеренные раскололись, но не выступили против восстания. Главный соперник Велепольского, Анджей Замойский, был одновременно более консервативным, чем Велепольский, и более склонным к сотрудничеству с русскими. Оказавшись в изоляции, Великопольский был дискредитирован.
Если польские сторонники умиротворения не желали поддерживать российское правительство, то повстанцы не желали сотрудничать со своими российскими коллегами. Очагом разногласий стала граница Кресов. После восстания 1863 года переговоры между членами Русского земского собрания и представителями польских радикальных групп зашли в тупик. Поляки отказались ратифицировать соглашение, разработанное с Александром Герценом в Лондоне, которое предусматривало проведение плебисцита в западных губерниях (Литве, Белоруссии и Украине) и подтверждало их обязательство восстановить границы 1771 года.
Полякам лишь отчасти удалось заручиться поддержкой других этнических групп в приграничных районах. Лидеры восстания обратились к евреям и русинам, а также привлекли на свою сторону некоторые элементы в литовском и белорусском крестьянстве. Но в юго-западном регионе их усилия обернулись катастрофой, когда русинское крестьянство, подозревая польскую шляхту, расправились с их посланниками. Подозрения и жестокие инциденты остались в памяти обеих сторон и отравили отношения между поляками и украинцами.
Хотя великий князь Константин галантно защищал примирение даже после покушения на его жизнь и вспыхнувших боев в Варшаве, он в отчаянии подал в отставку, так как его брат, царь, принял решение о введении военной диктатуры в королевстве. После этого политика Александра развивалась по трем направлениям. Во-первых, бурная дипломатическая деятельность пресекла попытки Франции, Великобритании и Габсбургской монархии вмешаться в ситуацию на основании Венского договора 1815 года. Во-вторых, на подавление восстания были направлены свежие военачальники, в том числе опасавшийся репрессий 1830 года ветеран М. Н. Муравьев, с массированным вливанием войск. В-третьих, что особенно важно для будущего России в ее западных пограничных районах, царь призвал на службу ведущего фигуранта проекта освобождения русских крепостных Николая Милютина в качестве архитектора новой аграрной политики, направленной на нейтрализацию польского крестьянства и отвлечение его от шляхетских мятежников. Эта политика России с самого начала восстания получила мощную поддержку со стороны влиятельного газетчика Михаила Каткова. Его страстные статьи в "Московском свете" способствовали сплочению образованных слоев вокруг знаменосца русского национализма, который стал постоянной чертой русской общественной жизни.
С Милютиным солидаризировались бюрократические сторонники перестройки имперского центра и его отношений с пограничными территориями; его ближайшими соратниками были князь В. А. Черкасский, Юрий Самарин из популистско-славянофильского крыла аграрных реформаторов и его брат Дмитрий, военный министр. Их широкая программа реформ сверху предусматривала ликвидацию сословных привилегий дворян - русских, польских, шведско-финских или прибалтийских немцев; экономическую и социальную свободу для крестьянства; правление просвещенной бюрократии; резкое сокращение числа католических монастырей. В то время как братья Милютины признали необходимость бескомпромиссных репрессий, Муравьев изменил свою позицию в отношении крестьянства и принял их предложения. Их странный союз встретил противодействие в министерствах. Министр внутренних дел П.А. Валуев, шеф жандармов В.А. Долгоруков и министр иностранных дел Горчаков выступали за союз с местными шляхтичами как лучший способ обеспечить контроль России над пограничными территориями и, в случае Горчакова, успокоить остальную Европу. Но их мнение не смогло убедить царя. Александр одобрил большую часть плана Милютина. Аграрная реформа в королевстве и западных губерниях была более щедрой, чем в польских провинциях Пруссии или Австрии, и более простой для реализации, чем в России. Дмитрий Милютин подытожил взгляды своей группы. Независимо от причин разделов, писал он, на России лежала ответственность за обеспечение порядка и благосостояния большинства польского населения: