Османы гарнизонировали пограничные крепости янычарами и привлекали местное христианское население в качестве военизированного ополчения. Чтобы сократить расходы, пограничным войскам разрешалось заниматься местной торговлей и ремеслами. За фортами османы строили мосты, мечети, церкви и другие гражданские здания, стремясь продемонстрировать местному населению культурные и экономические преимущества имперского правления и привлекательность службы государству. В течение первых четырех десятилетий XVIII века они углубляли пограничные районы и строили новые крепости, поскольку граница становилась более стабильной в течение длительных периодов. Новая система, просуществовавшая до 1835 года, была основана на военных подразделениях, называемых капетаньями. Мусульманские крестьяне были в значительной степени освобождены от феодальных обязательств, чтобы служить в различных военных структурах: "Все мусульманское население было полностью военизировано".
На их стороне были наемники, состоявшие из пограничников. Как отмечает Драго Роксандич:
Способ ведения войны, который в позднее Средневековье в Юго-Восточной Европе уже был известен как наемничество, где целью было убийство или захват в плен населения и уничтожение его материальной культуры и экономических ресурсов, просуществовал в трехграничье целых два столетия и был известен в основном как mali rat ("малая война").
Уже в первой половине XVI века общины динарских скотоводов периодически переселялись в пустынные районы. По-разному называемые влахами или морлаками, они говорили на славянских диалектах и придерживались в основном православия (влахи-католики назывались буньевичами). По мере продвижения турок в регион большая часть местного католического населения либо ушла, либо была изгнана. Турки вновь заселили опустевшие районы и горные перевалы пастухами-влахами из внутренних районов Балканского полуострова, которые впервые привнесли в регион православную веру с роковыми последствиями. Хотя турки предоставили влахам наследственные привилегии, многие из них позже перешли в венецианские и габсбургские земли, предложив свои услуги пограничным силам обороны. Новые хозяева воспринимали их как представителей "варварства" в регионе. Венецианцы, называвшие их морлаками, считали их храбрыми, но "грубыми", "своевольными" и "непокорными", хотя и продолжали использовать их в качестве нерегулярных войск против турок. Влахи продолжали служить в качестве вспомогательных военных сил как на стороне Османской империи, так и на стороне Габсбургов, по крайней мере, до XVIII века, когда Османское государство постепенно заменило их регулярными войсками.
На габсбургской стороне границы ускоки из Сени представляли собой другой тип военного пограничного сообщества, хотя и происходили из той же социальной среды. Состоявшие в основном из влашских пограничников, они начали мигрировать из османских земель в габсбургские в 1530-х годах и достигли пика массового переселения в 1590-х годах. Габсбурги предоставили им привилегии, включая фактическое владение землей, освобождение от налогов,и самоуправление (но без денежного вознаграждения) в обмен на военную службу. Для получения средств к существованию ускоки часто занимались набегами и грабежами как через пористую границу с османами, так и на море. У них был свой кодекс поведения, и свое самоопределение как "врагов врагов Христа" они трактовали по своему разумению. Именно так они могли оправдать грабежи христиан на османской стороне границы.
После каждого успешного продвижения на запад Балкан правители Габсбургов расширяли и укрепляли военную границу. Они набирали специальные пограничные войска (Grenzer) из немецких колонистов-земледельцев, сербов, влахов и шеклеров и предоставляли особые привилегии, включая религиозную терпимость к православным в периоды возрождения католицизма. Когда-то самые ненадежные и недисциплинированные левиты к середине XIX века превратились в самые надежные и верные войска под имперским командованием.
Расположенные дальше на юг вдоль Адриатического моря албанские земли были сильно, хотя и косвенно, затронуты пограничными войнами между османами, Габсбургами и русскими. Географически их земли не подходили для экстенсивного земледелия или скотоводства, но на них выращивали знаменитых пехотинцев (секбанов). Османы использовали их для охраны побережья от венецианцев и для защиты других, более отдаленных рубежей. После середины XVIII века местная знать вооружала албанских крестьян из своих поместий для борьбы с габсбургскими и русскими войсками, ввергая регион в смуту. После каждой войны с Габсбургами и русскими в конце века все больше демобилизованных секбанов возвращалось домой; некоторые из них вливались в частные армии, другие прибегали к бандитизму, чтобы заработать на жизнь. Стамбулу не хватало ресурсов для подавления тех, кого они называли "горными бандитами", которые оставались постоянным источником беспорядков вплоть до начала XIX века, когда они были завербованы для борьбы за империю в новых войнах против русских.