Соперничество между державами за гегемонию в Трехречье вступило в новую фазу под влиянием Французской революции и Наполеоновских войн. Амбиции Наполеона, стремившегося распространить власть Франции на восточное Средиземноморье, оказали глубокое влияние на последующее политическое и культурное развитие двух широко разделенных пограничных территорий Османской империи - Египта и Далмации. В обоих случаях, но по-разному, местная адаптация французских административных и идеологических моделей привели к движениям за реформы и автономию, которые бросили вызов османскому императорскому правлению. Проецирование французского влияния на Египет, в частности, усилило британский интерес и вмешательство в дела Османской империи. Распространение старого франко-британского соперничества на пограничные территории заставило Габсбургов и Россию также скорректировать свою политику.
Во время короткой французской экспедиции в Египет (1798-1801 гг.) и последующей английской оккупации местный правящий класс, мамлюки, был смертельно ослаблен. Новый османский губернатор Мухаммед Али был выходцем с западной балканской границы, албанским вождем, который привел с собой албанские и боснийские войска для установления своей власти. Он стал основателем правящей династии и одним из главных реформаторов в Османской империи. Он создал независимую базу власти, создав современную армию и централизованную автократическую администрацию по наполеоновскому образцу с помощью французских советников. Его последующие попытки восстановить порядок в Османской империи, а затем и самому прийти к власти привели к масштабной европейской интервенции и потере Греции.
Французское вмешательство на другом конце империи имело совершенно иной исход. В 1797 году, после победоносной кампании против Австрии, Наполеон аннексировал Венецианскую республику вместе с габсбургской Хорватией, Карниолой и частью Военной границы, фактически большую часть Тройного союза. Французы также захватили Ионические острова, что дало им важную военно-морскую базу в центральном Средиземноморье. Все эти завоевания они объединили в Иллирийские провинции империи. Вмешательство Наполеона в дела западных Балкан следует рассматривать как часть его грандиозного плана реорганизации пограничных территорий от Балтийского побережья, где он создал Герцогство Варшавское, до Дунайской границы. Это была попытка воссоздать в новейшее время ришельевский барьер де ласт. Однако она оказалась недолговечной.
Попытка французов сформировать южнославянскую идентичность из словенцев, хорватов и сербов на основе общего языка и Кодекса Наполеона послужила первой моделью для последующих версий югославской идеи.37 После поражения Наполеона Венский конгресс передал Габсбургам территории старой Венецианской республики, создав новую стратегическую ситуацию на западе Балкан.
Венеция и Далмация экономически процветали под властью Габсбургов, но слава венецианского патриотизма продолжала ярко гореть. Во время революции 1848 года венецианские повстанцы под руководством Даниэля Манина провозгласили недолговечную республику. Когда в 1870 году Венеция была окончательно включена в состав Итальянского королевства, местная интеллигенция продолжала превозносить ключевую роль средневековой республики как щита христианства против Османской империи и защиты западной цивилизации.