Когда после войны 1828 года неизвестное число мусульман-суннитов ушло в Османскую империю, азербайджанские жители ха-натов неожиданно оказались в меньшинстве.185 Разговоры о том, как примирить армянских переселенцев с мусульманами, были записаны Грибоедовым, который позже был убит в Тегеране. Он не зря задавался этим вопросом. Армянский анклав в Азербайджане оказался еще одной этнической бомбой замедленного действия на пограничных территориях, ожидавшей взрыва, как это было в 1905, 1918-1920 и снова в 1992 годах. В конце века русские также разочаровались в армянах как христианском оплоте против ислама, обвиняя их в экономической эксплуатации грузин и встревоженные их растущей националистической агитацией. Туркманчайский договор также стал вехой в борьбе за кавказские пограничные территории, положив конец угрозе создания общего ирано-османского фронта против русских. Не успел договор быть подписанным в 1829 году, как Николай I приказал оккупировать придунайские княжества, начав тем самым Русско-турецкую войну. Обессиленные иранцы сохраняли нейтралитет. Другим непредвиденным результатом договора стал поворот Каджаров к их транскаспийской границе, где они искали компенсации за свои потери в Азербайджане путем возвращения потерянной провинции Герат. Это, как мы увидим, втянуло бы их в длительный конфликт с англичанами.
Завоевание Россией Южного Кавказа не могло быть закреплено без закрытия границы с Северным Кавказом. К северу от горной цепи русское наступление на османов, в котором иранцы принимали лишь косвенное участие, было вынуждено иметь дело с высоковоинственным пограничным обществом, сложившимся между терскими казаками и горскими народами (кабардинцами, чеченцами и др.). Только в 1824 году российское правительство официально зачислило терских казаков в армию, обязав их платить налоги и нести службу. Когда им пришлось участвовать в регулярных походах против горцев, дезертирство стало серьезной проблемой. В 1840-х годах горские вожди, в частности легендарный Шамиль, награждали казаков-дезертиров важными должностями в военных частях, особенно если те принимали ислам. Российские власти на собственном опыте убедились в недоверии как к своим казакам, так и к вспомогательным подразделениям, набранным из горцев, находившихся под их номинальным сюзеренитетом. Их политика по укреплению и консолидации Кавказской военной линии была непоследовательной на двух уровнях. Во-первых, они колебались между поощрением и противодействием заселению региона крестьянами и диссидентскими религиозными группами. Затем они чередовали терпимость и репрессии по отношению к обычаям и религиозным верованиям горцев.
На Северном Кавказе Россия проводила ту же колонизационную политику, которая позволила ей укрепить свои позиции на сопредельных рубежах Понтийской степи и Закаспийской области. Заселяя и защищая земледельческое население, занимавшееся смешанным хозяйством, правительство достигло своей цели - сделать Северный Кавказ самодостаточным по зерну. До этого казаки были вынуждены полагаться на торговлю с горцами, которые снабжали их сельскохозяйственной продукцией. На протяжении нескольких столетий их экономическая взаимозависимость поддерживала политическую ситуацию в равновесии. В 1840-1850-х годах, когда на Северном Кавказе появилось достаточное количество государственных крестьян, регион смог обеспечить крепости и казачьи станции, а также вооруженные силы резидентов. Обменная экономика перестала быть жизнеспособной, горцы стали сверхпроцветающими. В течение следующих двух десятилетий русская армия с казаками на буксире подавила их сопротивление, закрыв Кавказскую военную границу.
Идеологические истоки сопротивления российскому завоеванию и закреплению на Северном Кавказе стали предметом научного исследования.
Традиционный взгляд, инициированный русскими историками XIX века и воспроизведенный по разным политическим причинам в XX и XXI веках, подчеркивал роль политико-религиозного движения Накшбанди, якобы воинствующего братства в суннитской традиции (называемого русскими мюридизмом). Критики утверждают, что эта характеристика является продуктом царского и советского империализма и западного ориенталистского взгляда, опосредованного, как это ни парадоксально, надеждами холодной войны на его обновление в борьбе с советской властью. Как бы то ни было, горцы были проникнуты духом эгалитаризма, преданностью своим военным лидерам и мессианскими ожиданиями. Они упорно сражались против русских. Из их рядов вышли лидеры Великого чеченского восстания 1825/ 6 года и тридцатилетнего газавата (священной войны), завершившегося поражением Шамиля в 1860 году.