Опасаясь пансербизма и российского влияния, Каллай стремился создать боснийскую идентичность, реализуя сложную, возможно, слишком тонкую программу государственного строительства. Он признавал авторитет религиозных иерархий католической, православной и мусульманской общин, поощрял их культурную самобытность и в то же время стремился изолировать православное и мусульманское население от их естественной связи с более широкими религиозными общинами в Сербии и Османской империи. Его реформы в области образования способствовали развитию неясной боснийской исторической традиции, обеспечивая при этом функциональную подготовку для трех различных общин. Он считал мусульман ключом к успеху своего предприятия. Они были доминирующей группой населения и самой крупной городской группой. Однако он по-прежнему скептически относился к способности ислама адаптироваться к современному миру. Благие намерения Каллая, направленные на поддержание религиозной терпимости и конфессионального баланса в австрийской традиции, натолкнулись на противодействие католических, в частности, францисканских, миссионеров, которые стремились обратить мусульман в свою веру. На каждом шагу культурная политика Каллая наталкивалась на те же препятствия, что и политика проконсулов в других пограничных районах Евразии. Его попытки провести реформы сверху, как и их попытки, вызвали одновременное сопротивление снизу со стороны устоявшихся элит и сепаратистских националистических движений.
Когда в 1878 году австрийские войска заняли эти две провинции, они сразу же столкнулись с сильным сопротивлением. Вооруженные отряды состояли из мусульман низшего класса, которых подбадривали их консервативные религиозные лидеры, и дезертиров боснийского происхождения из османской армии, к которым присоединились православные сербские добровольцы. Австрия была вынуждена мобилизовать 268 000 солдат, которые понесли потери в 5 000 человек, пробиваясь к Сараево. Мусульманские иррегуляры отступили в горы и продолжали сопротивление в течение нескольких месяцев. Три года спустя в восточной части Герцеговины вспыхнуло очередное вооруженное восстание против введения воинской повинности. Его подавление было поручено Каллаю. После короткого периода затишья в конце 1880-х годов вновь вспыхнули беспорядки, которые широко распространились в середине 1890-х годов, вызванные конфликтами по поводу обращения в христианство, призыва в армию и языковой политики.
Когда компромисс казался неприемлемым, а восстание - непрактичным, мусульмане вновь прибегли к извечной альтернативе - уходу. В течение трех лет после заключения Берлинского договора (1878) мусульманское население австрийской Боснии сократилось на треть, потеряв почти четверть миллиона человек из-за эмиграции или смерти.29 Вторая большая волна эмиграции прошла в 1900 году, когда 7000 человек уехали в Османскую империю. Несмотря на широкое распространение, сопротивление мусульман не было всеобщим. Небольшая, но влиятельная элита купцов и крупных землевладельцев была готова сотрудничать с Каллаем. Не ожидая этого, сторонники аккомодации воспользовались своим привилегированным положением, чтобы начать политическую организацию. Живя впервые под властью неисламского государства, мусульманская элита придумывала свои собственные формы подчинения и уклонения, когда им это было выгодно, постепенно приспосабливаясь к модели торга, характерной для имперского правления Габсбургов в пограничных районах.
Православные сербы в Боснии и Герцеговине были, по меньшей мере, одинаково враждебно настроены к австрийской оккупации. Австрийская оккупация кардинально изменила привилегированное положение православной церкви. Танзиматское законодательство распространяло равные юридические права на все население, лишая внешние силы повода помогать или защищать своих единоверцев. Оффицианты стали получать более высокую зарплату и перестали быть продажными. Роль греческого патриарха в Стамбуле была сведена к минимуму. Местные общественные организации - соборы православной церкви - все еще оставались рудиментарными. В то время как влияние России уменьшалось, политика Габсбургов укрепляла позиции католической церкви. Подписав конкордат с патриархом в Стамбуле, австрийцы получили право назначать высшие посты в православной иерархии. Когда Вена назначила митрополитом венгерского серба, он назначил так называемых субсидиарных священников, которые получали специальное жалование от правительства. Новый митрополит отказался подчиняться священникам, избранным соборянами. Эта тактика расколола православную общину на тех, кто принимал и тех, кто отвергал новых священников. Православная церковь также проигрывала борьбу за образование. Наконец, медленный отток православных сократил их численность на 7 %, в то время как католическое население сохраняло свои позиции. В результате православное население все больше отдалялось от правительства.