К концу жизни система Каллая пришла в упадок перед лицом растущей оппозиции мусульман и сербов его политике. После его смерти в 1903 году его сменил другой венгерский дворянин, Иштван Буриан, архитектор нового конституционного порядка в Боснии. Венгерский патриот и приверженец Габсбургов, он извлек важный урок из венгерского конституционного кризиса 1905/6 годов. Имперский центр не признал требования венгров о полном конституционном устройстве, а венгерская националистическая оппозиция не признала необходимости идти навстречу династии. Он был полон решимости избежать этих ошибок в своем управлении Боснией, работая с сербами и мусульманами в рамках нового набора автономных институтов. Не меньше, чем Каллай, он считал, что главная внешняя угроза исходит с востока. Он был ярым противником панславизма и опасался местных революционных движений, реагирующих на неэффективную бюрократию и вдохновляемых русскими "нигилистами". Его решение боснийской проблемы заключалось в том, чтобы направить растущее недовольство трех этнорелигиозных групп в конституционное русло путем предоставления культурной автономии и создания боснийского сейма. Этого можно было добиться только после австрийской аннексии провинции в 1908 году, которую он помог организовать. Во время его девятилетнего правления, 1903-1912 годы, его очевидный успех в укреплении сербской школьной системы был подорван деятельностью растущего числа радикально настроенных студентов, которые организовались под знаменем "Молодой Боснии".
Под благосклонным взглядом Буриана более сговорчивые мусульмане перешли к политически приемлемой деятельности. Быстро сменяя друг друга, они основали благотворительные общества, а в 1906 году - мусульманскую политическую партию. Два года спустя они одобрили аннексию и объявили о своей официальной приверженности империи. В боснийском парламенте мусульманские политики научились работать со своими сербскими и хорватскими коллегами. Применяя уроки коалиционной политики и политического компромисса - плоды "цивилизационного процесса", - мусульманские помещики смогли сохранить свою феодальную власть над крестьянством. К 1914 году они стали самыми верными подданными императора в Боснии. Эти частичные успехи имперской власти Габсбургов были омрачены современным ростом боснийских, сербских и хорватских партий - признаком большей политической сознательности и активности, но также и склонности к расколу.
Как и везде в монархии, бюрократическая, реформаторская политика стимулировала те самые национальные движения, которые она пыталась обуздать. Религия, возможно, была в центре внимания на ранних этапах, но национальные движения становились все более светскими. В начале двадцатого века ряд слабо связанных между собой тайных обществ, называемые в основном их врагами "Молодые боснийцы", возникли среди южных славян, имевших важные связи за пределами страны - от России до Соединенных Штатов. Большинство из них составляли сербы. Их целью было просто уничтожить Габсбургскую монархию. В Боснии и Сербии это были преимущественно студенты из первого поколения крестьян, получивших образование в городах. Студенты продолжали сохранять семейные связи с деревнями и духовные узы с православной церковью, что, возможно, разжигало их жажду мученичества. Интеллектуальной колыбелью студенческого движения была гимназия в Мостаре. В начале века молодые боснийцы попали под влияние рационалистических и антиклерикальных идей чешского философа и политического деятеля Томаша Масарика. Но аннексия Боснии и Герцеговины положила конец постепенности. Многие студенты отвернулись от Масарика, чтобы принять русских популистов. В их биографиях наряду с Мадзини часто упоминаются работы Чернышевского, Кропоткина и Бакунина. Они впитали в себя более древнюю местную традицию политического насилия, прославленную в героических подвигах первобытных повстанцев, таких как ускоки и хайдуки, и более новую тактику политических убийств, пропагандируемую революционерами "Народной воли". Но боснийские студенты не были копиями русских революционеров; для них национальное освобождение было важнее социализма. В этом они были больше похожи на армян того же поколения.