Начиная с 1880-х годов, имперское управление приграничными территориями претерпело качественные изменения. Возобновившийся процесс централизации и экономической интеграции сопровождался усилением имперской националистической политики. Были установлены новые внутренние границы, ликвидированы традиционные административные права и правовые системы, а русский язык провозглашен единственным языком бюрократии. Александр III возглавил всплеск национализации империи через культурную русификацию. Он окружил себя группой русских шовинистов: К.П. Победоносцев, прокурор Святейшего Синода, Дмитрий Толстой, новый министр внутренних дел, и граф И.В. Делянов, министр просвещения с 1882 по 1897 год, известный своим подчиненным как "армянский ноль"; всех их поддерживал М.Н. Катков, чрезвычайно влиятельный редактор массовой ежедневной газеты "Московские ведомости". Их приоритетами были искоренение ростков националистических движений путем административной централизации и языковой русификации местных школ. Эти меры были продиктованы сильной антипатией Победоносцева к полякам, евреям, армянам и другим народам пограничья. Он пытался дискредитировать реформистского министра внутренних дел армянского происхождения Лорис-Меликова расовыми оскорблениями, называя его "бешеным азиатом" и "плутом (фокусником), способным вести двойную игру... Он не русский патриот" - таков был его вердикт. После поездки на Кавказ в 1886 году Победоносцев писал царю, что "армяне и грузины стремятся освободиться от русской культуры и питают безумную мечту о восстановлении своей национальной независимости".
Балтийские провинции
При Александре III в прибалтийских губерниях началось культурное возрождение России. Еще в 1840-х годах правые русские националисты предупреждали о проникновении немецкой культуры на Балтийское побережье.
Балтийские бароны населяли правительство до самого высокого уровня бюрократии и армии, ранние представители панславизма, опираясь на идеи славянофилов, проводили культурную границу между романо-германской и греко-славянской Европой. Антипатия к Дойчтому сначала была сосредоточена на австрийском господстве над западными и южными славянами. Но польское восстание, а еще больше объединение Германии под руководством Пруссии, еще больше усилили их опасения по поводу сепаратизма балтийских провинций. Эти опасения были сильно преувеличены.
Прибалтийские немцы неуклонно теряли свое доминирующее положение в экономической жизни провинции. Демографически они уменьшались если не в абсолютных цифрах, то относительно быстро растущего латышского и эстонского населения. После 1880 года, когда антинемецкие настроения усилились, прибалтийские бароны стали избегать государственной службы, где они долгое время занимали пропорционально большой процент высших гражданских и военных должностей. Отсутствие единства не позволило им предложить реформы местного управления при Александре II и повысило их уязвимость перед радикальной административной и языковой русификацией при его преемниках. В 1860-1870-е годы центральная бюрократия предпринимала скромные русификаторские инициативы, затрагивавшие аграрные, судебные и религиозные вопросы прибалтийских провинций; в 1880-е годы темпы ускорились. В связи с серьезными крестьянскими волнениями Александр III назначил сенатскую комиссию под руководством Н.А. Манасеина, вскоре ставшего министром юстиции, для всестороннего изучения условий жизни в прибалтийских губерниях. Его доклад стал основой для повсеместной культурной и административной русификации. Он рекомендовал обязательное использование русского языка местными чиновниками; введение русского языка в качестве языка преподавания в Дерптском университете наряду с многочисленными ограничительными правилами в отношении студенческих корпораций; введение русских правовых норм взамен устаревшие и "средневековые" немецкие правила, а также законодательство, направленное на защиту интересов православной церкви. Он предложил лишь символическое улучшение положения латышского и эстонского крестьянства. Некоторые из более радикальных предложений Манасейна по реформам, которые еще больше уменьшили бы власть балтийской немецкой знати, так и не были реализованы.