Погромы 1881 года ознаменовали новый этап как в политике правительства, направленной на ограничение еврейского экономического и культурного влияния в западных пограничных районах, так и в уровне еврейского сопротивления. Погромы стали толчком к росту политической активности евреев. Они уже были, по мнению большинства, были спонтанными, и правительство объясняло их народным гневом против еврейской эксплуатации. Хотя правительство не предпринимало быстрых действий по их подавлению, оно также не поощряло их, опасаясь нарушения общественного порядка. Как выразился Александр III: "В глубине души я безумно рад, что евреи избиты, но в то же время мы не можем этого терпеть". В результате он отказался отменить Палеопоселение. Вместо этого министр внутренних дел, вездесущий панславист граф Игнатьев, ввел новые ограничения, так называемые майские законы 1882 года, которые ограничивали права евреев на поселение в пограничных районах и восстанавливали квоты на прием еврейской молодежи в университеты.
Еврейская община глубоко разделилась во мнениях относительно подходящего ответа. Среди тех, кто проповедовал приспособление к новым условиям, петербургская еврейская элита выступала за продолжение "выборочной интеграции" в российское общество в надежде сохранить самобытную еврейскую культуру. Реформы образования 1860-х годов оказали наиболее радикальное влияние на изменение отношений между евреями и остальным обществом. Сняв ограничения на поступление в университеты, реформы способствовали более тесной интеграции евреев как в либеральное, так и в радикальное крыло российской интеллигенции. Антисемиты в бюрократии и обществе рассматривали приток евреев как новый вызов в культурной войне за границы Палеи. Большинство выпускников-евреев поступали на работу, особенно на юридические специальности. Их надежды на работу в системе были последовательно поколеблены погромами 1881 года и введенными в 1889 году квотами на прием евреев в университеты и в адвокатуру. К началу 1890-х годов адвокаты стали обращаться к многочисленной еврейской общине. Их уникальная формула ассимиляции объединяла концепцию юридического российского гражданства и еврейской этнической идентичности.
В 1880-х годах между аккомодацией и сопротивлением возникло сионистское движение. Реагируя на погромы, несколько наиболее влиятельных его представителей, таких как Леон Пинскер и Ашер Цви Гинцберг (он же Ахад ха-Ам), отстаивали идею самопомощи и колонизации Палестины. Однако в их сочинениях возникали противоречия между пространством и духом, территорией и культурой. Они признавали, что Палестина не подходит для всех евреев в качестве безопасного убежища. Она могла служить лишь "духовным национальным центром". Большинству евреев пришлось бы остаться за пределами страны, в диаспоре. Тем не менее, русские "палестинцы" оставались приверженцами идеи поселения колонистов в этой стране, выступая против альтернативных предложений, таких как поселение евреев в Уганде. У движения появился мощный защитник и харизматичный образ Теодора Герцля, чья журналистская и политическая деятельность в Габсбургской монархии увенчалась публикацией книги Der Judenstaat в 1896 году. В следующем году в Базеле состоялся Всемирный конгресс сионизма, на котором были широко представлены русские евреи. Драматическая попытка Герцля добиться одобрения своих целей со стороны царского правительства встретила привычный отклик. В его знаменитой беседе с российским министром внутренних дел Вячеславом Плехве в 1903 году он отделался туманными заверениями в симпатии. Правительство упорно продолжало препятствовать массовому исходу евреев. Российское крыло сионизма пыталось примирить противоречивые обязательства по колонизации Палестины и укреплению еврейской культуры в России. Накануне революции 1905 года сионистские группы перешли к политическому взаимодействию с режимом.
После погромов 1881/2 года еврейское сопротивление приняло две формы: выезд и революционная деятельность. Эмиграция без выездной визы была незаконной, хотя она практиковалась евреями со времен Николая I. Некоторое время Игнатьев раздумывал над идеей отпустить еврейский народ, как он выразился в своем насмешливом стиле, но затем выступил против массовой эмиграции. Так же поступали и петербургские знатные люди. Тем не менее за десятилетие после погромов Россию покинули почти 135 000 евреев, а в следующее десятилетие вдвое большее число направилось в основном в США.56 Их отъезду противостояли царское правительство, аккомодационная элита в двух столицах, а также набирающие силу радикальные движения.
До погромов 1881 года еврейское активное сопротивление имперскому правлению, как и аккомодационное, опиралось на небольшую численную базу. Тем не менее, евреи играли пропорционально большую роль, чем любая другая группа, в руководстве террористического крыла популистского движения, хотя их участие не было напрямую связано с вопросом эмансипации.