В Транскаспийском регионе сопротивление русской администрации и русских поселенцев приняло серьезные масштабы только в 1890-х годах. Правительство тщательно избегало призыва мусульман в армию, опасаясь, что оружие попадет в руки людей, обученных его использовать. Мятеж сипаев в Индии послужил предупреждением. После первой вспышки в Ферганской долине в 1885 году, которую возглавил важный мусульманский землевладелец, местные вспышки по земельному вопросу были легко подавлены. Большинство из них возглавляли религиозные лидеры, часто из ордена Су. Ташкентские холерные бунты 1892 года стали крупнейшим городским восстанием. Причиной беспорядков стали страхи мусульман перед бедными русскими поселенцами как разносчиками болезни, а также российские санитарные меры, которые нарушали традиционные мусульманские обычаи. Они свидетельствовали о большом культурном разрыве, который открылся между русскими поселенцами и коренным населением. В 1898 году напряжение взорвалось во время священной войны в Андижане. Восстание было тщательно спланировано. Возглавляемое высокочтимым султаном, оно финансировалось братством и поддерживалось мусульманской племенной элитой дозавоевательного периода. Власти обвинили в этом панисламскую пропаганду. Российские администраторы всегда испытывали преувеличенные страхи перед мусульманскими восстаниями. К началу XX века их подозрения приобрели более острый характер. Распространение исламских реформаторских движений, таких как джадид, в крымско-татарских, волжско-татарских, османских и индийских источниках вызывало представления об огромном заговоре с целью свержения российского правления в пограничных районах.
Туркестанская администрация была глубоко потрясена восстанием, и специалисты разделились во мнениях относительно правильной реакции. Одна группа защищала прежнюю политику невмешательства фон Кауфмана. Вторая группа выступала против нее, заявляя: "Люди говорят о нашей цивилизующей роли в Центральной Азии. На данном этапе наше культурное влияние примечательно своим отсутствием". Тем временем в Ташкенте нарастала социальная напряженность среди русских железнодорожников, которые в 1899 году провели первую забастовку против местных администраторов, что вызвало опасения, что рабочие могут вступить в контакт с коренным населением.
Никто не утверждает, что российское управление пограничными районами Центральной Азии было блестящим успехом. Лучшее, что можно сказать, это то, что она отменила работорговлю и уменьшила количество насильственных конфликтов между нома-дическими племенами и между ханствами. Но русские были разделены по поводу средств продвижения своей цивилизаторской миссии, которые были неадекватны, и целей, которые были амбивалентны. Отчасти это объяснялось их ориенталистским взглядом на мусульман как на чуждое, враждебное и фанатичное население. Отчасти это было вызвано страхом, что политика насильственной ассимиляции вызовет восстания, которые обратятся за защитой к османам, англичанам или даже китайцам. Неожиданным последствием полусерьезных колонизационных проектов российского правительства стало, по иронии судьбы, создание народной базы для победы большевиков в региональной Гражданской войне.
Революция 1905 года
Революция 1905/6 гг. в России имела своей основой империалистическую экспансию во внутренних азиатских пограничных районах. В предыдущие полтора десятилетия русские в дополнение к своим завоеваниям в Транскаспийском регионе и делимитации маньчжурской границы осуществили свой самый амбициозный проект по стратегическому и торговому присоединению пограничных районов Внутренней Азии к центру имперской власти. В 1891 году началось строительство Транссибирской магистрали. Это был самый дорогостоящий инженерный проект в Евразии до Первой мировой войны. Вплоть до 1880-х годов российские правители и бюрократическая элита с неодобрением относились к идее строительства такой магистрали или даже освоения Сибири. При Александре III это отношение изменилось. Ближайшие советники царя среди военных и сам царь были убеждены, что более тесная привязка и интеграция Восточной Сибири к имперскому центру является неотложным делом, учитывая их обеспокоенность ростом регионализма и возможностью возобновления китайского стремления вернуть себе Амурскую и Уссурийскую области, которые они
утрачен двадцатью годами ранее. Движущей силой этой предпринимательской деятельности был энергичный и амбициозный министр финансов Сергий Витте. Он рассматривал Транссиб как многоцелевую государственную центростремительную программу, направленную на стимулирование внутреннего производства чугуна и стали в России, колонизацию малонаселенного региона, выполнение цивилизаторской миссии и укрепление экономической мощи государства в борьбе за внутренние азиатские границы.