Многих из присутствующих смутило то, что костяк отряда состоит совсем из молодых людей, не имеющих ни достаточной научной квалификации, ни экспедиционного опыта. Такой подбор спутников объяснялся тем, что на свою экспедицию Козлов по-прежнему смотрел глазами Н. М. Пржевальского как на научную рекогносцировку, для которой ему требовались прежде всего послушные исполнители его замыслов. Однако «эпический» период исследования Центральной Азии, говоря словами Пржевальского, подошел к концу. Более актуальными для региона становились исследования отраслевого, узкоспециального характера; отсутствие же в экспедиции Козлова высококвалифицированных специалистов делало ее особенно уязвимой в глазах академического сообщества.
Первые проблемы у экспедиции совершенно неожиданно возникли в июне 1923 г. – буквально в самый канун ее выступления, когда НКИД без каких-либо объяснений не выдал загранпаспорта юным Б. М. Овчинникову и Н. Н. Барсову. «Трудно описать тяжелое состояние чуть не плачущего, нравственно убитого Барсова, – записывает в дневнике Козлов. – Лично мне его очень жаль. По-моему, из Барсова вышел бы хороший спутник, несомненно принесший бы экспедиции значительную пользу». И Н. Н. Барсов, и Б. М. Овчинников, впрочем, пытались апеллировать к руководству НКИД, все еще надеясь, что оно переменит свое решение, но безрезультатно. Правда, Б. М. Овчинникову во время одной из встреч с политреферентом НКИД Л. Е. Берлиным в конце концов – на исходе августа! – удалось выяснить, что в экспедицию «вклеили» кого-то по распоряжению свыше, очевидно, на место выбывших, о чем он тут же сообщил Козлову, находившемуся в это время в пути.
В таком же двусмысленном, «подвешенном» состоянии вскоре после возвращения в Петроград оказались и другие участники экспедиции, у которых неожиданно отобрали загранпаспорта, якобы «для проверки». Произошло это за несколько дней до отъезда экспедиции, намеченного на 29 июня. В отчаянии и ярости от подобного произвола Козлов обращается к Н. П. Горбунову, выступающему в роли правительственного куратора экспедиции, требуя от него разъяснений. Но Кремль каких-либо разъяснений давать не торопился.
«Еще более тяжело и томительно потекло начало июля, – читаем мы в дневнике путешественника. – Моя поездка в Москву, бесконечные переговоры по телефону с Кремлем (Н. П. Г[орбуновым]) и потом из Петрограда с Москвой. Телеграммы в ГПУ и, наконец, после обстоятельных переговоров с Николаем Петровичем, телеграмма следующая: «Москва. Совнарком. Каменеву. Экспедиция сильно томится, бездействует, несет большие непроизводительные расходы, умоляет разрешить спешно выдать паспорта. Время уходит. Козлов».
Причиной столь внезапной задержки экспедиции стало решение Центра прикомандировать к отряду политкомиссара – идеологического контролера за деятельностью Козлова. П. К., как человеку военной закалки, приходится, конечно же, подчиниться, хотя он и не скрывает досады: «Кого-то мне подсунут помимо моего желания! Говорят, бурята. Вероятно, коммуниста. И что же он будет делать в Центральной Азии?». Ситуация уже вскоре окончательно прояснилась – 21 июля Козлов получил от Н. П. Горбунова телеграмму: «Выезд экспедиции разрешается. Правительственным комиссаром назначается Убугунов Даниил, который поедет в составе экспедиции вместе с двумя-тремя сотрудниками».
Что же произошло в Москве в 20-х числах июня 1923 г.? Что побудило советских руководителей блокировать козловскую экспедицию и в экстренном порядке ввести в нее нескольких посторонних сотрудников? Ответ на этот вопрос дают документы из Архива президента РФ. 22 или 23 июня 1923 г. председатель ГПУ Ф. Э. Дзержинский получил письмо от некоего А. Мартынова, по сути донос на Козлова. Автор письма – предположительно А. С. Мартынов-Пиккер, один из ведущих сотрудников Института Маркса – Энгельса, протеже М. Н. Покровского, ссылаясь на разговор со своим секретарем, служащим в издательстве «Красная Новь» Е. Н. Щарбе, обращал внимание Ф. Э. Дзержинского на тот факт, что экспедиция Козлова организована «крайне неосторожно», что может иметь «очень вредные последствия» для Советской России.
Ее начальник – «бывший полковник или подполковник царской службы, настроен весьма по-белогвардейски. Он или члены экспедиции, точно не помню, высказывались, что через 3 года, когда срок экспедиции закончится, в России не будет ни народных комиссаров, ни Сов [етской] власти, и что они сюда не вернутся». Крайне обеспокоенный тем, что члены экспедиции могут использовать отпущенные им крупные денежные средства не по назначению – «не столько для того, чтобы производить научные изыскания, сколько для ведения контрреволюционной агитации против России, не без содействия, может быть, англичан», – А. Мартынов заключал свое письмо вопросом: «Не благоразумней ли было бы отказаться от этого дела или организовать его на совершенно новых началах?».