Реакция Ф. Э. Дзержинского была мгновенной – он тут же поставил в известность о «сигнале» А. Мартынова главу НКИД Г. В. Чичерина, и тот в свою очередь распорядился отобрать загранпаспорта у готовой к отправлению экспедиции. В то же время, 25 июня, Ф. Э. Дзержинский направил письмо в Политбюро ЦК с предложением об образовании особой комиссии «по рассмотрению вопроса о целесообразности посылки в настоящий момент экспедиции в Монголию и Тибет». В нем, в частности, высказывалось опасение, что поездка Козлова в районы, находящиеся «под господствующим влиянием Англии», где НКИД «ведется в течение нескольких лет вполне определенная дипломатическая работа», могла бы послужить поводом для новой провокации английского правительства и в то же время привести к срыву «работы НКИД».
Вопрос о Монголо-Тибетской экспедиции немедленно вносится в повестку дня очередного заседания Политбюро ЦК, состоявшегося 27 июня. Предложение Ф. Э. Дзержинского принимается без возражений. В особую правительственную комиссию назначают четырех человек – Л. Б. Каменева, Г. В. Чичерина, Ф. Э. Дзержинского и М. Н. Покровского, т. е. представителей от СНК, НКИД, ГПУ и Наркомпроса, что также является симптоматичным: трое первых представляют политические интересы государства и лишь последний – интересы науки. Одновременно Политбюро принимает и предложение генсека И. В. Сталина – включить в состав экспедиции бурята-коммуниста. На должность политкомиссара подыскали и утвердили подходящую кандидатуру – Д. М. Убугунова, в недавнем прошлом инструктора-организатора монголо-тибетской секции Дальневосточного секретариата Коминтерна.
Эту меру в Москве, по-видимому, посчитали достаточной, и поэтому СНК, как уже говорилось выше, через управделами Н. П. Горбунова дает Козлову «зеленый свет». 25 июля 1923 г. – в день отъезда экспедиции – Географическое общество по традиции устроило ей торжественные проводы, в которых приняли участие многие представители академических учреждений, в том числе академики А. П. Карпинский, С. Ф. Платонов, В. В. Бартольд. На границе с Монголией, в Кяхте и Троицкосавске, к отряду присоединились новые члены: буряты Булат Мухрайн и лама Шагдур Эрдынеев, рекомендованные Козлову Агваном Доржиевым, а также партийная троица – Д. М. Убугунов с женой и Л. Е. Помытов (переводчик бурятского и монгольского языков).
В Ургу – отправной пункт караванного маршрута на Лхасу – Козлов со своим отрядом въехал 1 октября 1923 г. Здесь экспедиция предполагала провести недолгое время, необходимое для снаряжения каравана и получения из пекинского МИДа через советское полпредство охранной грамоты и дорожных паспортов. Но злой рок продолжал преследовать путешественника. 21 октября Козлов узнает от секретаря советского представительства в Монголии В. И. Юдина, что Центр (ГПУ) отзывает из отряда С. А. Глаголева, П. С. Савельева и П. М. Саранцева. Это не просто новый удар по экспедиции, но фактически начало ее разрушения. Ведь С. А. Глаголев – старший помощник Козлова, его правая рука.
«Без Глаголева Козлов с экспедицией не справится, – пишет Е. П. Горбунова в Москву своему брату. – Может быть, никто не знает так хорошо жизнь Глаголева, как я, и я знаю, что за ним нет ничего такого, что могло бы послужить ему укором в глазах Советской власти. Человек безукоризненной честности, поразительно работоспособный, кончивший университет (географическое отделение) и Географический институт, могущий вести съемку и производить всевозможные полевые исследования по зоологии, ботанике, геологии, метеорологии и т. д. Специально всю зиму готовился к путешествию. […] Если лишить нас такого человека, как Глаголев, экспедиция потеряет одного из своих совершенно незаменимых членов, без которых ученая работа едва ли сможет идти успешно».
Но Глаголев не просто главный помощник начальника экспедиции. Козлов давно уже смотрел на него как на преемника и потому стремился передать ему свой богатый опыт и знания. Полевая работа в Монголии и Тибете под началом столь авторитетного учителя для Глаголева – это «школа путешественника-исследователя».
Решение Москвы об отзыве трех спутников вызвало, естественно, недоумение и крайнее раздражение Козлова. Не менее тревожило его и отсутствие китайских паспортов, обрекающее экспедицию на бессмысленное стояние в Урге. Чувства путешественника в эти трудные дни хорошо передает его дневник:
«Я задумался над положением экспедиции, организованной с разрешения и [при] поддержке Сов[етской] России. С самого начала, почти до конца организации экспедиции в России все шло прекрасно и предупредительно. Но с июня месяца вкрались непонятные неожиданности: назначается в экспедицию такой-то с таким-то, паспорта отобрать, проверить и таких-то участников экспедиции отставить, очевидно, за счет поступивших или неожиданно назначенных „партийных”. И с того времени пошло все, что называется, „шиворот-навыворот”. Присутствие „незваных гостей” расстроило нашу цельную прекрасную экспедиционную семью.