Последние дооктябрьские годы Спасо-Прилуцкого монастыря, начавшиеся после того, как владыка Неофит навсегда покинул эти стены, зияют, словно черный провал. Сказать о монастыре было и нечего, и некому, словно он уже закрыт.
Во время наречения архимандрита Неофита во епископа Измаильского, на малом выходе преосвещенным Александром, епископом Вологодским и Тотемским, возведен был в сан архимандрита и назначен настоятелем Спасо-Прилуцкого монастыря игумен Нифонт, настоятель Корнилиево-Комельского монастыря (в миру — Николай Курсин).
В 1887 году он был рукоположен во священника в Троицкой Пельшемской церкви Кадниковского уезда, где и служил до 1905 года, исполняя в то же время должность законоучителя Пельшемского земского училища, наблюдателя церковно-приходских школ. В 1906 году по своему расположению к монашеской жизни и по прошению был зачислен указом Вологодской духовной консистории в число братии Спасо-Прилуцкого монастыря. Это произошло ещё при архимандрите Анатолии. В 1907 году он же благословил отца Нифонта принять на себя труды по управлению Корнилиево- Комельским монастырем Грязовецкого уезда, где новый настоятель так же был назначен законоучителем Корнилиевской церковно-приходской школы. В 1908 году возведен в сан игумена с утверждением в должности благочинного первого округа монастырской епархии. В 1909 году назначен постоянным членом Грязовецкого отделения епархиального училищного совета. Его труды на поприще духовного просвещения получили признание, в 1910 году он был награжден за полезную и усердную деятельность по заведыванию Корнилиевской церковно-приходской школой наперсным крестом, от Святейшсго Синода выдаваемым.
Однако, в должности настоятеля Спасо-Прилуцкого монастыря архимандрит Нифонт не зарекомендовал себя решительно ни чем, достойным внимания. Единственным сколько-нибудь заметным действием отца архимандрита стало то, что вскоре после своего заступления на должность, он лично проверил библиотеку монастыря и распорядился составить подробный каталог книг. По 11-и разделам переписали 805 изданий. На этом запас идей нового настоятеля был, видимо, исчерпан.
На второй год нифонтовского настоятельства монастырь опять погорел (Примечательно, что пятилетнее настоятельство отца Неофита пролегало между двумя пожарами). На сей раз пожар был очень обширным, о его масштабах можно судить по тому, что одновременно пострадали средняя башня и настоятельские кельи. Башню и кельи подлатали, срубили новую баньку, взамен сгоревшей, и житьё пошло по-прежнему.
О том, каким именно было это житьё, какая судьба постигла неофитовские реформы трудно сказать что-либо определенное. Рапортов на своих подопечных отец Нифонт не писал, но само по себе это ни о чем не говорит, поскольку он вообще предпочитал экономить чернила. Если архимандрит Анатолий, составляя послужные списки монашествующих, часто показывал добрую половину из них, как людей морально неустойчивых, если, закрутивший гайки архимандрит Неофит, каждому давал положительную характеристику, то архимандрит Нифонт ни разу за все году своего настоятельства даже не заполнил той графы послушного списка, в которой надо было сказать о поведении иноков и их усердии к послушаниям. Рапортовать было не о чем, не кому, не зачем.
По всей видимости, планы обновления монастырской жизни даже не провалились, а как-то сами по себе постепенно рассосались. Как невозможно было навести порядок в отдельно взятом монастыре, так невозможно было навести порядок и в монастырях отдельно взятой епархии. Настоящее обновление могло произойти только по высочайшему повелению. Иначе невозможно было закрыть половину монастырей епархии, без чего было уже ни как не обойтись. Но высочайшего повеления не было. В итоге, ни кем не поддержанные реформаторы потрепыхались, а потом опять всё стихло.
Архимандрит Нифонт, видимо, был обычным настоятелем. Обычным для того времени. А время было закатное.
***
Впрочем, именно архимаднриту Нифонту суждено было взвалить на себе крестную ношу — управлять монастырем при большевиках до закрытия обители.
В 1918 году всё вроде бы оставалось по-прежнему. Только ни о каком содержании от казны речи уже не шло, да отобрали каменный двухэтажный дом напротив Святых ворот, в котором размещалась монастырская гостиница. Там была устроена «казарма для солдат красной армии», а странники и богомольцы находили отныне приют в привратницкой или на скотном дворе.
Монастырь по-прежнему имел 187 десятин земли, из них 6 — под огородами и садами, 25 — на берегу под сенокосами, да участок елового леса в 140 десятин. По прежнему сохранялась за монастырем рыбная ловля на реке Вексе, так же держали скотину: 4 коровы, 2 быка, теленок и лошадь.