Елизавета позже поделилась с Лестером своими опасениями, что в случае, если идея с браком состоится, ее вновь отправят в Тауэр. Когда некоторые члены совета высказали мнение, что намерения Норфолка вовсе не обязательно предполагали злой умысел, королева, как сообщается, упала в обморок. Дело было вовсе не в коварных придворных интригах. Елизавета как никто другой представляла себе эту ситуацию, ведь во время правления Марии Тюдор она сама очутилась в таком же злополучном положении тюремной узницы, а теперь принудила к нему Марию, королеву Шотландии. На куске ткани Мария оранжевой шерстью вышила полосатого кота с короной на голове; Елизавета была рыжеволосой. Затем рядом с котом Мария поместила маленького мышонка.
Норфолк колебался между демонстративным неповиновением и отчаянием. Он отправил королеве письмо, в котором заверял в своей верности и выражал опасения по поводу неправосудного заключения в тюрьму. В то же самое время он написал своим главным сторонникам на севере — среди них Томас Перси, граф Нортумберленд, и Чарльз Невилл, граф Уэстморленд, увещевая их не поднимать восстания, которое могло бы стоить ему головы. Последовал другой безапелляционный королевский приказ. Герцог решил подчиниться требованиям, однако был отослан в место, которого страшился больше всего, — его заперли в Тауэре. Все порты закрылись из опасений иностранного вмешательства.
Настал черед герцогов Нортумберленда и Уэстморленда; приказом Елизаветы их призвали ко двору. «Вечный позор нам и нашей стране, — сетовала жена Уэстморленда, — ибо теперь нам приходится искать норы, чтобы в них укрыться». Она советовала проявить твердость духа и смело противостоять королеве в неизбежной «сумятице». В Топклиффе, одном из поместий графства Нортумберленд, зазвонили в колокола в обратном порядке, что означало призыв к оружию. Графы восстали в ноябре 1569 года во имя старой религии. Со своими дружинами они отправились к Даремскому собору, где разрушили стол для причастия; затем они разорвали в клочья англиканскую Библию и Книгу общих молитв, после чего потребовали вернуть мессу на латинском языке. Это было самое серьезное испытание, с которым столкнулась Елизавета, а появление религиозных противоречий многократно увеличивало угрозу раскола в королевстве, охваченном гражданской войной. Испанский посол вел двойную игру, обещая активное содействие консерваторам, но на деле не выполняя и сотой части своих обязательств. Французский посол, в свою очередь, пришел в восторг от мысли о том, что Англия погрязнет в таких же религиозных беспорядках, какие бушевали в его стране.
Через два дня мятежные графы проехали через Рипон в традиционных доспехах крестоносцев, с красным крестом на груди; впереди процессии торжественно везли знамя Пяти Ран Христа, еще одной эмблемы старой веры. Именно так выступили против Генриха VIII участники Благодатного паломничества тридцатью годами ранее. Отца самого Нортумберленда, сэра Томаса Перси, арестовали и казнили после поражения Благодатного паломничества. Для прибывших в Рипон графов в соборной церкви отслужили мессу, в которой восславляли всех приверженцев «старой католической религии». Коварные советники королевы вознамерились разрушить «истинную и богоугодную католическую религию» и тем самым ввергли королевство в хаос. Во время богослужения зажигались свечи и звучала органная музыка.
Несмотря на это, 28 ноября 1569 года графы обнародовали очередное обращение, в котором место религии занял вопрос престолонаследия. Таким образом они хотели добиться большей поддержки, однако достигли цели лишь отчасти. Многие северные магнаты отказались от участия в восстании. Граф Камберленд, к примеру, не счел перспективу слишком заманчивой. Большая часть английского дворянства, из которого особенно выделялся граф Суссекс, сплотилась вокруг королевы. Лорда Хандсона отправили на север, а графа Бедфорда отослали на запад Англии на случай возникновения там опасности. Саму Марию отвезли в Ковентри и надежно упрятали за городской стеной из красного песчаника. Если бы Марии удалось сговориться с мятежниками, разразилось бы всеобщее восстание. Говорили, что в Зеландии, на юго-западе Нидерландов, у испанцев наготове стояла флотилия кораблей, с пушками и порохом, поджидая своего часа. Однако история, как известно, не терпит сослагательного наклонения. В результате мятежа католиков государство ужесточило контроль над соблюдением Акта о единообразии, включая обязательное принесение клятвы о верховенстве монарха.