В самом начале беспорядков Елизавета отметила, что «у графов хоть и благородная кровь, но ряды их скудны», и в этом отношении ее суждение оказалось справедливым. Они рассчитывали на всенародную поддержку, однако ошиблись. На три дня графы задержались в Тэдкастере на севере Йоркшира, а затем повернули назад. Их армии, растеряв весь боевой дух, стали раскалываться на части, в то время как королевские солдаты гнались за ними по пятам. Единственное сражение за всю военную кампанию состоялось при Наворте в феврале 1570 года, в ходе которого Хандсон сокрушил неприятельское войско под командованием лорда Дакре.
Мятеж в северных графствах, известный как Северное восстание, к тому моменту себя исчерпал. Графы Нортумберленд и Уэстморленд бежали через границу в Шотландию, а всех оставшихся бунтовщиков вскоре арестовали. Менее сановных участников повесили, лишь в одном Дареме казнили триста человек. Едва ли в окрестностях нашелся бы город или деревня, где не стояла бы виселица. По оценкам, порядка девятисот мятежников казнили за измену, что стало самым губительным актом возмездия в истории Тюдоровской эпохи. Он служил мерилом королевского гнева и страха. Елизавета ясно дала понять, что «запрещает казнить всех, у кого есть фригольды либо крупное состояние». Она хотела завладеть их деньгами, нежели жизнью; земельная собственность и поместья наиболее влиятельных или зажиточных дворян, таким образом, конфисковались. Графа Нортумберленда шотландцы продали Англии за две тысячи фунтов, а Уэстморленд искал убежища в Испанских Нидерландах.
Этот мятеж стал последним из так называемых традиционных восстаний, возглавляемых феодальными военачальниками, приверженцами старой религии. Крупнейшие вельможи, Перси и Невиллы, некогда считались фактическими правителями своих территорий, где обладали большей властью и авторитетом, чем монарх. Но теперь им не удалось поднять северное дворянство на открытое восстание. Многие католики не желали бросать вызов политическому и социальному порядку в стране. Даже вассалы влиятельных семейств с большой неохотой брались за оружие. Кризис, которого так страшился Сесил, удалось преодолеть, а старая вера теперь ассоциировалась с изменой и насилием. Ее называли «остывшим пирогом для папистов». Верность большинства жителей королевства престолу подтвердилась. Северное восстание представляло собой один из значимых, но бессобытийных переходных периодов в истории страны.
Вскоре после подавления мятежа Рим предпринял очередную попытку подорвать авторитет королевы. В самом начале 1570 года папа Пий V обнародовал буллу, в которой отлучил Елизавету от церкви как величайшую еретичку и тирана. В булле провозглашалось, что «мнимая королева Англии» более не заслуживает доверия, «служа беззаконию». В ряды богохульников попадали все те, кто подчинялся ее законам и приказам. Сама королева превратилась в законную мишень для атаки любого ревнителя старой веры; ее смерть ускорила бы его путь в рай. Это была последняя битва средневековой религии, последний раз, когда папа римский пытался свергнуть правящего монарха.
Впрочем, ее можно рассматривать как удар, направленный скорее на английских католиков, чем на английскую королеву. Теперь Рим подстрекал их низложить своего правителя после провала северных графов. Момент, мягко говоря, был выбран неудачный. Если бы буллу издали в разгар Северного восстания, то, возможно, она смогла бы побудить к действию некоторых более слабовольных мятежников. Теперь было очевидным, что на верность и порядочность английских католиков рассчитывать отныне не приходится.
Экземпляр папской буллы прибили к воротам дворца епископа Лондонского. Обвиняемого Джона Фелтона вздернули на дыбу, чтобы выпытать имена его сообщников или соратников; он сохранял молчание, но погиб чудовищной смертью изменника. Тем не менее, поднимаясь на эшафот, он достал кольцо с бриллиантом и попросил передать его Елизавете — «притворщице» — в качестве последнего подарка. Впоследствии папа римский причислил Джона Фелтона к лику блаженных. Так или иначе, его воинственные планы уже потерпели крах к тому моменту, как он принял казнь через четвертование и потрошение. Не случайно в 1570 году вышло второе, более тщательно проработанное издание фундаментального труда протестантской веры, «Книги мучеников» Фокса. В докладной записке от тайного совета двум архиепископам значилось: это «произведение огромной значимости и ценных знаний касательно религии и иных благодетельных дел, кои для нас обладают великой пользой, чтобы развивать у подданных ее величества положительное мнение, понимание и благоволение к правительству». Примеры столь тесной сплоченности религии и политики в истории встретишь нечасто.