Поэтому аббатства надлежало освободить из-под влияния как местных епископов (подконтрольных светским правителям), так и сеньоров, которые могли бы захватить монастырь, став светскими аббатами.
Первый импульс реформы исходил из аббатства Клюни, расположенного на юге Бургундии, в графстве Маконнэ, и посвященного апостолам Петру и Павлу. Его основатель герцог Гийом Аквитанский отказался от своего права на монастырь в 910 г. и передал его под покровительство папы. Подчинение папе, пусть даже чисто номинальное (в ту пору он не имел реальной власти и в самом Риме), порождало поистине вселенские амбиции. В грамоте об основании обители провозглашались необычные цели: основать такую общину, которая в своем религиозном усердии служила бы спасению душ всех живых и почивших христиан.
В том, что конец света близок, средневековый человек не сомневался никогда, но к началу X в. слишком многие признаки усиливали эсхатологические настроения. Как писал анонимный автор того времени, мир «уже скатился к худшему, ибо многие сошли с пути истины», и спасать его предполагалось в первую очередь путем духовного обновления монашества, очищению его жизни от всего мирского. Уже при первых аббатах-реформаторах в Клюни воцарились строгая дисциплина; литургии посвяшалось не менее семи часов в день, а молебны во здравие и за упокой достигали невиданных масштабов. Миряне, сперва уроженцы графства Маконнэ, но затем жители более удаленных областей, адресовали богатые дары св. Петру. Волна подражаний клюнийцам из Бургундии и Аквитании через Верхнюю Лотарингию докатилась до Фландрии и Северной Франции, а в другом направлении, через Альпы, проникла до Южной Италии. Примыкавшие к реформе монастыри образовывали союз - конгрегацию под управлением клюнийских аббатов.
В начале XI в. конгрегация включала 64 обители, а столетие спустя - уже больше 1000.
Постепенно нравственный климат начинал меняться, и быть аббатом-графом становилось неприлично. Гуго Капет, чье могущество изначально основывалось на владении монастырями, в 979 г. отказался от прав на аббатство Сен-Жермен под Парижем, заслужив похвалы современников. То, что раньше выглядело нормой, теперь считалось недопустимым и для частных монастырей.
Маленький монастырь Сан-Бартоломео-ди-Карпинето в области Абруцци, основанный местным сеньором в 962 г., в середине XI в. начал воспринимать соседство с замком как источник «злостных гонений». Хроника аббатов с негодованием рассказывает, что прачки сеньора свободно посещали монастырь, пользовались отхожими местами монахов и смели входить в трапезную. Это послужило поводом для реформирования аббатства, и чтобы ослабить связь с сеньорами, братии пришлось переехать в дальнее монастырское поместье. Необходимость дистанцироваться от «своего» монастыря воспринималась сеньорами болезненно, но чтобы удержать монахов и пользоваться благами их молитв, приходилось менять отношение к монастырю как к собственности, а к монахам как к прислуге.
Значение клюнийского движения за духовное обновление не ограничивалось монашеским миром. Идея церковной свободы (libertas ecclesiae) церкви, независимой от мирских властей, была в полной мере выражена клюний-ским аббатом Одоном (ум. 942 г.). В существующих смутах реформаторы винили светскую власть, пренебрегающую церковным контролем (censura ecclesiastica). То, что мирянин мог поставлять священником или аббатом того, кто предложил более щедрый дар, все чаще называлось грехом симонии (или святокупства) по имени упомянутого в Евангелии Симона-Волхва, пытавшегося за деньги приобщиться к таинствам. До прямых притязаний духовной власти на верховенство было еще далеко. Речь шла о духовном контроле, о напоминании властям об их христианском долге защитников Церкви и «бедных», и о том, что лишь свобода от вмешательства мирян в руководство церковными делами позволит восстановить «истинный» порядок не только в стенах монастырей, но и в миру, обеспечив спасение всем христианам.
С середины X в. наряду с Клюни обозначились еще несколько центров движения монашеской реформы в Лотарингии, Южной Германии и Италии. В отличие от Клюни лотарингская реформа распространялась не созданием конгрегации, а путем передачи монастырского «обычая» (consuetudo): монахов из Горца и Трира приглашали в другие обители, чтобы они устанавливали там новые порядки. Инициаторами таких приглашений чаще всего выступали владельцы монастырей - члены королевской семьи, имперская знать и епископы. Аналогичным образом происходило реформирование монашества в Англии в конце X в. при короле Эдгаре. Реформы нередко встречали сопротивление - монахи либо не хотели отказываться от привычного образа жизни, либо искренне полагали, что обычаи их родных монастырей и являются уставом св. Бенедикта, и видели в заезжих реформаторах охотников до монастырского добра. История монастырей изобиловала заговорами, отравлениями и мятежами.