Многочисленные наброски на отдельных листах чернового автографа, относящиеся к началу части третьей романа, и варианты к ним, по-видимому, свидетельствуют о раздумьях писателя над развитием сюжета и стремлении создать повествование, связывающее воедино все три части. Так, в черновом автографе содержится несколько вариантов начала главы II. В одном из них Некрасов отказывается от биографического повествования: «Не скажем здесь ни слова, ни об отце его, ни об матери…», рассказывая далее о том, как герой «от детских игрушек перешел <…> к романтическим прогулкам при луне, стишкам, книгам, безотчетным стремлениям и вечному фантазерству». В конце этого же листа начато и не зачеркнуто: «К нашей истории не идет история детства нашего героя…». На отдельном листе сделан еще один набросок биографического содержания: «В шестнадцать лет он уже почувствовал, что ему тесно не только в деревне, но даже в губернском городе….», затем излагается история юноши, отправившегося в Петербург и обманувшегося в своих надеждах. В следующем наброске Некрасов пишет о больном Тростникове, не сомневающемся в своем поэтическом даре: «…он слепо верил ему <своему призванию> и добродушно считал себя поэтом…»; «Тростников принялся жаловаться на судьбу и записывать <в стихотворные строфы > свои жалобы», потом он «долго лежал неподвижно, бог знает о чем думая», пока появление Агаши не вернуло его к действительности (см.: Другие редакции и варианты, с. 531, 534).
Процесс работы над романом нашел отражение и в пометах, сделанных на полях или в тексте рукописи. Особый интерес представляют пометы, в которых Некрасов фиксирует мысли или обозначает темы, требующие дальнейшего сюжетного развития. Например, в главе III части второй романа, озаглавленной «Похождения русского Жилблаза», рядом с описанием времяпровождения литературных и окололитературных «петербургских холостяков» помечено на полях: «Подозрительный господин, воровство». В главе VI части второй, где рассказывается содержание пьесы «задумчивого сотрудника», на полях имеется незаконченная помета: «Замечать комические черты в самом себе свойство уже по крайней мере недюжинных» (см. там же, с. 505, 513). Конспективно выглядит запись в этой же главе по поводу разбора пьесы «Русское национальное лекарство»: «(Рассказ а la Кони с каламбурами, дикими суждениями, высокопарным вздором и частыми указаниями на свои собственные труды)» (с. 189). Эта фраза написана в самом тексте рукописи в скобках, после нее оставлено свободное место. Очевидно, Некрасов набросал ее для памяти, предполагая вернуться к этому эпизоду. В главе III части второй романа после слов: «…страшное предсказание Иоанна Златоуста: люди будут» (с. 157) (фраза недописана) в автографе многоточие в полторы-две строки, свидетельствующее о том, что автор, возможно, намеревался дописать необходимую цитату позднее. В главе VIII этой же части пометой на полях: «Кондитерская ~ танцкласс, карты» (л. 218 архивной нумерации) — зафиксирован план повествования, реализованный Некрасовым в дальнейшем.
Встречаются на полях автографа записи отдельных фраз, мыслей, представляющие интерес для творческой истории романа о Тростникове. Таковы, например, пометы в главе III части третьей романа, где рассказывается о злоключениях героя, оставшегося на улице без пристанища: «Ид<еальный> юн<оша> не знает действительности» (л. 264); «Прочесть. Страдания Вертера» (л. 265) — последняя слева на полях рядом с незаконченной фразой: «…что довело человека до такой лжи, до такой уже, в которой, уж конечно, ничего…» (см.: Другие редакции и варианты, с. 546). Далее на листе автографа оставлено место в две-три строки и ниже начата новая мысль: «И вдруг лицом к лицу столкнулся он с целою сотнею людей, которых встречал поодиночке и оскорблял подозрениями в тунеядстве…» (с. 252).
Несколько помет в черновом автографе непосредственно связаны с размышлениями Некрасова над композицией романа. Например, в главе VI части первой романа рядом с текстом: «…ты ужо теперь не такой мальчик, как был оо обманывать не хочу» (с. 133) — приписка: «с 20 листа», являющаяся отсылкой к «Истории Матильды» — логическому продолжению предыдущей главы. Аналогична по смыслу приписка в конце главы VIII части второй романа после слов: «…я пошел проводить ее до ее подвала и заглянул в окошко» (с. 226) — «Здесь сцену, которая на 14-м листе». «Сцена», о которой пишет Некрасов, посвящена отцу Параши и является частью главы IV «История Параши» от слов: «В этой комнате сквозь небольшое окошечко…» — до слов: «…Параша сегодня избавилась от его буйства…» (с. 226–227).