Многие пароходы были без угля, и их капитаны обратились к стоящему в порту английскому угольщику «Вотан» с просьбой дать топлива. Однако, когда англичане такое разрешение дали, капитаны затеяли спор, кто за кем должен получать уголь, а драгоценное время уходило. Лучше велась погрузка людей и имущества на те пароходы и транспорты, на которых имелись военные коменданты. Они брали на борт как можно больше пассажиров и только тогда отходили от мола, когда и трюмы и палубы были заполнены людьми. Получилось так, что основная часть одесской группировки оказалась отрезанной от города, поэтому основную массу пассажиров составляли члены различных управлений, штабов, тыловых и технических служб. Как уже говорилось, было немало и тех, кто отбился от своих частей или просто дезертировал.
Номинально управление портом существовало, оно находилось на пароходе «Румянцев». Но его влияние ни в чем не проявлялось, и эти обязанности взял на себя командир английского крейсера «Серес». Он главным образом указывал подходящим на загрузку судам места у мола. Пароход, который был предназначен для больных и раненых, как только он причалил, сразу же был захвачен толпой беженцев, и только благодаря англичанину самый последний прибывший пароход все-таки был отдан для больных и раненых. Но он был небольшим, и всех взять не удалось. В ночь на 7 февраля генерал Н.Н. Шиллинг со своим штабом перешел на пароход «Анатолий Молчанов». Утром следующего дня части 41-й стрелковой дивизии красных стали входить в Одессу.
Стрельба в городе вызвала панику в порту. Одни стали искать укрытия и прятаться за железнодорожными вагонами и портовыми сооружениями, другие бросились в южную часть порта, куда пули еще не долетали. Появились убитые и раненые. Давка у пароходов еще больше усилилась, а суда заторопились с отплытием. Ушел и «Анатолий Молчанов», почти пустой, увозя лишь Шиллинга с его штабом и несколькими сотнями человек конвоя. Многие корабли оказались перегруженными чрезмерно. Например, «Рио Негро» при норме 700 человек увез 1400, а на молу, где он был пришвартован, все равно осталась большая толпа людей.
Затем вблизи порта в стрельбе наступила небольшая пауза. Как потом выяснилось, это юнкера Сергиевского артиллерийского училища провели контратаку и отбросили красноармейцев на несколько кварталов, и снова заняли Воронцовский дворец. В порту стало спокойнее, хотя с севера военный мол по-прежнему простреливался. Всем было ясно, что красные могут ворваться в порт в любой момент. Английское командование, не желая подвергать опасности хотя бы тех, кто уже погрузился, приняло решение закончить эвакуацию, и их корабли получили команду выйти в море на внешний рейд. Последних защитников порта, это были в основном юнкера, взял на борт английский крейсер «Серес». Солдаты и офицеры других частей искали себе места на других отходящих пароходах. Несколько тысяч военнослужащих взял на борт пароход «Владимир». Люди на нем заполнили все трапы, а на палубе стояли вплотную плечом к плечу, но отойти от причала он не мог. Толпа стояла на его сходнях и продолжала напирать на стоящих впереди. Чтобы дать пароходу отойти, караул вынужден был применить оружие.
Одним из последних уходил пароход «Долланд», но он застрял неподалеку от мола во льду. Воспользовавшись его остановкой люди, проваливаясь в воду, бросились к нему по льду. Пароход давал тревожные гудки, но помочь ему было некому. Все буксиры уже ушли. У транспорта «Дон» сломалась машина, и он не мог отойти от мола. Даже зная об этом, люди все равно заполнили его до отказа, а к нему уже приближалась цепь красноармейцев. Но их заставили залечь своим огнем пулеметчики бронедивизиона, бывшие на этом корабле. Четверо смельчаков снова бросились на стенку причала и под пулями добежали до стоящей неподалеку шаланды «Сурож». К их счастью она была под парами, но не собиралась никуда двигаться. Заменив команду, поручик Моренко, возглавивший эту вылазку, обрубил швартовы, подвел шаланду к «Дону» и вывел его на рейд. «Серес» еще стоял у мола и, кроме юнкеров-сергиевцев, успел забрать полуроту старших кадет Одесского корпуса. В самый последний момент прибежало еще около 130 кадет младших классов, но их уже взял на борт каботажный пароход.