В статье тринадцати было показано, что выводы Лепешинской основаны на применении негодной методики, на элементарном непонимании того, что видно под микроскопом, из-за полной биологической безграмотности и сумбурного мышления. Дело в том, что желточные шары — это полноценные клетки, содержащие ядро и цитоплазму, загруженную желточными зернами, служащими материалом для развивающегося зародыша. Желточные зерна поначалу маскируют ядра, но по мере их потребления ядра становятся хорошо видимыми. Этот процесс Лепешинская истолковала как зарождение ядер в бесклеточном живом веществе. Кроме того, желточные шары, израсходовавшие желточные зерна, в дальнейшем погибают. Произвольно располагая эти стадии разрушения клеток в обратном порядке, Лепешинская выдавала этот процесс за возникновение клеток из бесструктурного живого вещества. Опыты с растертой гидрой никакой доказательной силы вообще не имели, так как при растирании мелкие клетки могли остаться целыми. Из своих изысканий Лепешинская сделала выводы для медицинской практики. Она заключила, что заживление ран происходит за счет новообразования клеток из «кровяной зернистости» и предлагала лечить раны путем прибавления к ним крови. Далее в статье тринадцати авторов было показано, как Лепешинская, пытаясь укрепить свои теоретические построения цитатами из Энгельса, превратно их толкует и игнорирует те высказывания Энгельса, которые явно противоречат ее утверждениям. В заключение статьи авторы пришли к такому выводу:
Совершенно очевидно, что Лепешинская и ее окружение, получив полное признание высоко стоящих инстанций, правительственных и партийных, не могли оставить безнаказанными авторов разоблачительной статьи. Требовалось заставить их принять учение о зарождении клеток из живого вещества или убрать их с научного поприща. Из тринадцати подписавших статью большинство были сотрудниками Института экспериментальной медицины АМН СССР в Ленинграде. В июне 1950 г. в Ленинград прибыли эмиссары Лепешинской — действительный член АМН СССР Н. Н. Жуков-Вережников и доктор биологических наук И. Н. Майский. На заседаниях Ученого совета Института экспериментальной медицины АМН СССР (21–23 июня) должны были выступить посланцы Лепешинской и подписавшие статью тринадцати, в первую очередь заведующие трех отделов Института: общей морфологии (в который входила руководимая мною лаборатория цитологии) — Д. Н. Насонов, экспериментальной гистологии — Н. Г. Хлопин и фитонцидов — Б. П. Токин. Перед собранием по поручению партбюро нас предупредили, что вопрос о сохранении или ликвидации отделов и лабораторий будет решаться в зависимости от того, как выступят авторы антилепешинской статьи, и прежде всего Насонов, Хлопин, Токин.