Положение Ксении, принявшей постриг (инокини Ольги) изменилось с воцарением Василия Шуйского. Сначала её перевели в Успенский Княгинин монастырь. Затем в том же 1606 году царь Василий приказал торжественно перенести тело Бориса Годунова, его жены и сына из Варсонофьева монастыря в Троице-Сергиеву Лавру. Гроб Фёдора Борисовича несли 20 бояр. В Троице-Сергиевом монастыре в особой усыпальнице они покоятся и ныне.
Инокиня Ольга следовала за процессией в закрытых санях. Иностранцы сообщают о плаче инокини-сироты по своим близким во время этой процессии. Затем она поселилась в находящемся неподалеку Подсосенском монастыре (ктитором монастыря был её отец Борис). Там в то же время находилась и бывшая Ливонская королева Мария Владимировна – дочь князя Владимира Андреевича Старицкого. Она была вдовой короля Магнуса. До пострига она была следующей в линии престолонаследия после царевича Димитрия…
С династическим кризисом напрямую были связаны чаяния древних княжеско-боярских родов и фамилий, стремившихся разделить власть с царём и этим ослабить усиливающееся самодержавие в свою пользу. Эта тенденция всё явственнее просматривалась уже со второй четверти XVI века. Она же привела и к кровавым расправам в период правления царя Иоанна Грозного, в том числе и к опричной политике. И это стало ещё одной важной причиной Смуты.
Дорогу боярско-княжеской элите, то рвущейся, то крадущейся к власти преградило более молодое и не менее сильное военно-служилое сословие – дети боярские и дворяне. Это сословие вступило в ожесточённую борьбу за своё влияние и положение у кормила государственной власти. Противоречия и усиление борьбы, нараставшие в отношениях между феодальной элитой и мелким военно-феодальным сословием, неотвратимо вели к Смуте.
XVI столетие породило новые военно-служилые сословия, среди которых наиболее активными и многочисленными были – казачество и стрельцы. Последние, по условиям своего социально-экономического положения были тесно связаны с посадским, торгово-ремесленным населением. В силу своего размещения у южных и восточных границ государства, а также более пассионарное казачество выступало самостоятельно, и потому наиболее последовательно и решительно. Пополнение рядов казачества, а также его социально-экономическая стабильность базировались на постоянном притоке беглых крестьян и посадских людей на окраины из центральных уездов России. В силу сохранения и консервации в социально-экономическом укладе жизни казаков элементов военной-демократии, казачество безоговорочно выступало противником закрепощения крестьян. Поэтому оно являлось и противником интересов всех феодальных сословий и, прежде всего, дворянства и детей боярских, заинтересованных в прикреплении крестьян к земле на новых, колонизируемых землях. Но если (как показала история) интересы казачества и боярства не совпадали никогда, то с дворянами-помещиками южных уездов России, казачество периодически находило компромиссы. Правда, компромиссы эти были кратковременны и, как правило, заканчивались кровопролитием. И всё это также подвигало Россию к Смуте.