Решив низложить архипастыря, Иоанн хотел придать сему насилию вид справедливого наказания, постановленного по приговору освященного собора. Сначала отправили несколько духовных и светских лиц в Соловки для производства следствия о жизни и деятельности там Филиппа. Следователи угрозами и обещаниями склонили игумена Паисия и некоторых малодушных старцев к разным лжесвидетельствам. С этими клеветами явились они перед духовным собором, который был созван царем для суда над митрополитом. Призванный к ответу, Филипп не считал нужным оправдываться перед взведенными на него обвинениями и говорил с достоинством, приличным его сану, прибавив, что он не боится умереть. Созванный собор не осмелился вступиться за своего архипастыря и раболепствовал перед тираном. 8 ноября 1569 года, во время богослужения в Успенском храме, явился Басманов с толпою опричников и велел всенародно прочесть соборный приговор о низложении митрополита. Затем опричники бросились на Филиппа, били его, сорвали с него святительское облачение, одели в худую монашескую рясу и, посадив на крестьянские розвальни, отвезли в Богоявленский монастырь. После нескольких недель тяжкого темничного заключения, опасаясь народа, который смотрел на Филиппа как на святого мученика и толпою собирался перед его темницей, Иоанн сослал его в Тверской Отроч монастырь (где в следующем году его постигла мученическая кончина). Так этот достойный представитель вместе и боярского, и духовного сословия пал в неравной борьбе с полоумным тираном, отстаивая свое архипастырское право печалования, увещания и поучения.
Вместе с Филиппом подвергся гонению и весь род Колычевых; некоторые его родственники были казнены по приказу Иоанна. Вслед затем настала очередь и того, с кем этот род был связан давнею приязнию: настал черед двоюродного брата царского Владимира Андреевича. Можно, пожалуй, удивляться тому, что тиран так долго щадил князя, на которого многие бояре указывали как на царского преемника еще во время известной Иоанновой болезни. Царь, очевидно, считал его опасным для себя соперником и принимал против него разные меры предосторожности: несколько раз брал с него клятвенные записи верно служить не только самому Иоанну, но и его сыновьям; не раз менял у него не только бояр и слуг, но и самые города и волости, составлявшие его удел. По-видимому, Владимир своим поведением не подавал повода к опале. Решив погубить его, Иоанн прибег к обычному средству: к обвинению в небывалых заговорах. Он послал звать Владимира с семьей к себе в Александровскую Слободу. Не доезжая нескольких верст, несчастный князь был остановлен в одном селе; сюда явился царь с полком опричников и начал судить Владимира за то, что тот будто бы подкупал царского повара отравить государя. Конечно, тщетными остались все оправдания и мольбы. Осужденный на смерть, несчастный князь, по некоторым известиям, должен был выпить чашу с ядом. Вместе с ним погибла его супруга Евдокия, большая часть его детей, а также находившиеся при них боярыни и слуги. Мать Владимира, инокиня Евдокия, была потом по приказу тирана утоплена в Шексне. Такой же участи подверглась и его невестка, вдова брата его Юрия, инокиня Александра{45}
.Все эти отдельные казни на сей раз были только прологом к деянию еще более ужасному и неслыханному: к избиениям русских граждан целыми толпами и к такому варварскому разгрому нескольких русских городов, который мало чем разнился от татарских нашествий.
Несмотря на удары, нанесенные Иваном III и Василием III древним вечевым городам, Новгороду и Пскову, эти города продолжали еще пользоваться некоторым благосостоянием, благодаря торговому, промышленному духу своего населения, и конечно сохраняли еще многие старые обычаи вместе с преданиями о своей минувшей славе и вольности. Иван IV с ненавистью смотрел на такие предания и обычаи, несогласные с тем раболепием, которое он хотел видеть повсюду в своем государстве. Он начал с того, что повторил отцовские и дедовские «выводы». В 1569 году, по его приказу, было вновь выведено в Москву из Новгорода полтораста, а из Пскова пятьсот семей. Затем, как бы по заранее составленному плану, в Москву явился из Новгорода какой-то бродяга, Петр Волынец, и донес царю, что архиепископ Пимен с лучшими людьми умыслил передать город польскому королю, о чем будто бы написали грамоту и спрятали ее в Софийском соборе за иконою Богородицы. Посланный с Петром доверенный человек нашел изменную грамоту в указанном месте. По всем признакам, эта грамота была подложная; но она была нужна тирану как предлог к задуманному погрому.