Следственное дело было представлено на заключение духовного собора. Митрополит Иов от имени собора объявил, что Нагие с братьею виновны в напрасных убийствах, но что это дело земское и все в царской руке, а что их обязанность (духовенства) молить Бога о многолетии государя и государыни и о тишине междоусобной брани. Нагих разослали в заточение по дальним городам; самое царицу Марью постригли в Никольском монастыре на Выксе (близ Череповца). А угличан за убийство 12 человек осудили как мятежников против царской власти: до 200 человек были наказаны смертью или отнятием языка; часть граждан рассадили по темницам, а большую часть сослали в Сибирь и там заселили ими город Пелым. Самый колокол, звонивший набат, был отослан в Тобольск. Город Углич, дотоле торговый и людный, после того запустел. Но следственное дело не нашло доверия у современников. В народе упорно держался слух, что царевич был убит клевретами Бориса Годунова; этот слух нашел отголосок в русских летописях и в иностранных известиях того времени.
В связи с помянутым слухом, в народе распространялись вообще подозрительность и недоверие к действиям Б. Ф. Годунова, доходившие до нелепости. Так, в июне того же 1591 года в Москве произошел большой пожар, причем сильно пострадал Белый город. В народе пошла молва, что это Годунов велел поджечь город, чтобы отклонить царя Федора Ивановича от поездки в Углич, куда он будто бы собирался для личного расследования о смерти царевича Димитрия. А когда Борис стал слишком щедро помогать погорельцам, и эту щедрость истолковали в смысле заискивания перед народом по причине все того же преступления. В июле месяце совершился известный набег на Москву Казы-Гирея и нашлись люди, которые стали обвинять Годунова, будто он подвел хана, чтобы отвлечь общее внимание от смерти царевича Димитрия. Осторожный, сдержанный правитель старался ласками и щедротами приобретать народное расположение; поэтому царские милости при объявлении об них обыкновенно связывались с именем Годунова, т. е. раздавались как бы по его ходатайству; а немилости являлись «по совету» с боярской думой. Но помянутая злая клевета сильно раздражила правителя, так что начались розыски; оговоренных пытали, резали им языки, морили в темницах. В 1592 году Ирина Федоровна разрешилась от бремени дочерью; царь и народ радостно приветствовали это событие. Но в следующем году маленькая царевна, названная Феодосией, скончалась, к великой горести родителей. И тут нашлись клеветники, которые обвиняли Годунова в ее смерти. Любопытно, однако, как быстро исчезло с исторической сцены потомство Ивана III. В Рижской крепости, занятой поляками, проживала вдова титулярного ливонского короля Магнуса, Марья Владимировна, с маленькой дочерью своей Евдокией. Годунов обещанием разных благ убедил ее воротиться в Москву. Но тут ее заставили постричься в монахини, а ее дочь вскоре умерла, и смерть эту также приписали ненасытному честолюбию Бориса, расчищавшего себе путь к престолу устранением всех лиц, могущих иметь на него какие-либо притязания. Известный крещеный касимовский хан Симеон Бекбулатович, которого Грозный когда-то шутя поставил царем над земщиной, после смерти царевича Димитрия лишился зрения, и в этом несчастии молва, передаваемая нам летописцами, обвиняла Годунова!{61}
Стремление Бориса Федоровича к престолу, по словам летописцев, выражалось и в его обращении к ведунам, которых он призывал и спрашивал о будущем. Черта, вполне согласная с суевериями того времени. Прибавляют, что эти волхвы будто бы предсказали Годунову, что он действительно будет царствовать, но не более семи лет, а Борис на сие воскликнул: «хотя бы и семь дней, но только царствовать!» Подозрительность и клевета в отношении к нему достигли до того, что некоторые сказания приписывают ему отравление самого Федора Ивановича, своего благодетеля, смерть которого ставила Бориса в положение трагическое. Ему оставалось только два исхода: или достижение трона, или падение, которое в лучшем случае привело бы его в монастырь, а в худшем на плаху. Конечно, он выбрал первый исход, и этим выбором многое объясняется в его поведении.