Болезненный Федор Иванович достиг только сорокалетнего возраста. Он тяжко занемог и скончался 7 января 1598 года. Так как с ним прекращался царствовавший род, то, естественно, все ожидали, какое распоряжение он сделает относительно престолонаследия. На этот счет существуют различные известия. По одним, перед смертью на вопросы патриарха и бояр, кому приказывает царство и царицу, он отвечал: «в сем моем царстве и в вас волен создавший нас Бог; как Ему угодно, так и будет; а с царицей моей Бог волен, как ей жить, и о том у нас улажено». Но прощаясь наедине с Ириной, он, по тому же сказанию, «не велел ей царствовать, а повелел иноческий образ принять». По другим, более достоверным известиям, наоборот, он завещал престол своей супруге Ирине, а исполнителями своей духовной или своими душеприказчиками назначил патриарха Иова, двоюродного брата своего Федора Никитича Романова-Юрьева и шурина своего Бориса Федоровича Годунова. Когда звон большого Успенского колокола возвестил о кончине Федора, народ толпами устремился в Кремлевский дворец, чтобы проститься с усопшим государем; причем поднялся громкий плач и раздались многие стенания. Верим, что народная горесть была вполне искренняя; ибо давно уже Россия не испытывала такого сравнительно тихого и благополучного времени, как четырнадцатилетнее царствование Федора Ивановича, которое особенно выигрывало в общем мнении после столь бедственной второй половины царствования Ивана IV. При всем своем слабоумии, Федор за свою набожность и целомудренную жизнь, очевидно, был любим народом и почитаем почти за святого человека. А главное, вследствие прекращения царского рода, русских людей удручали опасения за будущее. Более всех плакала и убивалась сама Ирина Федоровна. Кроме нежной привязанности к почившему супругу, она выражала глубокое горе о своей бездетности. По словам современника, причитая над телом супруга, она, между прочим, восклицала: «увы мне смиренной вдовице, без чад оставшейся… мною бо ныне единою ваш царский корень конец приял». На другой день, 8 января, последний государь из дому Владимира Великого с обычными обрядами был погребен в Архангельском соборе.
Бояре, чиновники и граждане беспрекословно присягнули Ирине Федоровне; таким образом, повторялся случай, бывший в малолетстве Грозного, с тем различием, что Ирина могла не только править государством подобно Елене Глинской, но и прямо царствовать. Но характер ее был совсем иной: весьма набожная и чуждая властолюбия, она уже привыкла руководствоваться в делах политических исключительно советами своего брата, и теперь, по-видимому, имела только одно честолюбие, одно намерение: посадить его на престол Московского государства. С этим намерением вполне согласовалось ее дальнейшее поведение. На девятый день по кончине супруга Ирина удалилась в московский Новодевичий монастырь и там вскоре постриглась под именем Александры, предоставляя духовенству, боярам и народу избрать себе нового царя. По наружности управление государством перешло в руки патриарха Иова и боярской думы; но душой правительства по-прежнему оставался Борис Годунов, которому патриарх Иов был предан всем сердцем. А правительственные грамоты продолжали выдаваться «по указу» царицы Ирины.