Теперь, когда выступил на первый план вопрос об избрании царя, естественно, между знатнейшими русскими боярами находилось немало потомков Владимира Великого, которые еще живо помнили о своих удельно-княжеских предках и считали себя вправе занять праздный московский трон. Но никто из них не решался заявить какие-либо притязания, не имея для них никакой надежной опоры в народе. В последнее время ближе всех стояли к трону две боярские фамилии: Шуйские, или Суздальские, ведшие свой род от Александра Невского, и Романовы-Юрьевы, близкие родственники последних государей с женской стороны, двоюродные братья Федора Ивановича. Однако и они ясно видели, что их время еще не наступило. Законной царицей почиталась теперь Ирина Федоровна, а у нее был родственник еще более близкий, родной брат Борис; на его стороне были все выгоды и все обстоятельства. В его пользу действовали два самых могущественных союзника: патриарх Иов и царица-инокиня Александра; говорят, что первый разослал по России надежных монахов, которые везде внушали духовенству и народу о необходимости избрать в цари Бориса Годунова; а вторая тайно призывала к себе военнослужилых сотников и пятидесятников и раздавала им деньги, чтобы они в той же необходимости убеждали своих подчиненных. Но еще более сильным аргументом в пользу Годунова говорила его прошедшая деятельность и умное управление делами: народ привык к его управлению; а наместники и чиновники, лично им поставленные и возвышенные, естественно, тянули общественное мнение в его сторону. Поэтому нет достаточных оснований отвергать следующий рассказ некоторых иностранцев. Когда Ирина удалилась в монастырь, то дьяк и печатник Василий Щелкалов вышел к народу, собравшемуся в Кремле, и предложил принести присягу на имя боярской думы. «Не знаем ни князей, ни бояр — ответила толпа — знаем только царицу, которой присягали; она и в черницах мать России». На возражение дьяка, что царица отказалась от правления и что государству нельзя быть без правительства, толпа воскликнула: «да здравствует (или да царствует) брат ее Борис Федорович!» Никто не дерзнул противоречить сему восклицанию. Тогда патриарх с духовенством, боярами и народной толпой отправился в Новодевичий монастырь, куда, вслед за сестрой, часто стал удаляться и ее брат. Там патриарх начал просить царицу, чтобы она благословила своего брата на царство; просил Бориса принять это царство. Но последний отвечал решительным отказом и клятвенными уверениями, что ему никогда и на ум не приходило помыслить о такой высоте, как царский престол. Таким образом, это первое открытое предложение короны было отклонено Борисом. Но дело просто объясняется тем, что избрание царя должно было совершиться по приговору великой земской думы, собиравшейся из всех выборных людей всей Русской земли, и Борис только от нее мог принять свое избрание.
В феврале съехались в Москву выборные из городов и вместе с московскими чинами составили Земский собор. Число его членов простиралось свыше 450; большинство принадлежало духовному и военно-служилому сословию, которое было предано Годунову; да и самые выборы производились по распоряжению патриарха Иова и под надзором преданных Годунову чиновников. Следовательно, заранее можно было предвидеть, на ком остановится соборное избрание. 17 февраля, в пятницу, патриарх открыл заседание великой земской думы, и в речи своей прямо указал на Бориса. Тотчас все собрание постановило «неотложно бить челом Борису Федоровичу и кроме него никого на государство не искать». После того два дня сряду, в субботу и воскресенье, в Успенском соборе служили молебны о том, чтобы Господь Бог даровал им государем Бориса Федоровича. А 20 числа в понедельник на масляной неделе патриарх и духовенство с народом отправились в Новодевичий монастырь, где подле сестры пребывал тогда Годунов, и со слезами молили его принять избрание. Но и на сей раз получили все тот же решительный отказ и все те же уверения. Тогда святейший патриарх Иов прибегает к крайним мерам, чтобы сломить упорство Бориса. На следующий день, 21 февраля, после торжественных молебнов по всем церквам столицы он поднимает хоругви и иконы и идет крестным ходом в Новодевичий монастырь, призывая туда же не только граждан, но и их жен с грудными младенцами. Между собой патриарх и все архиереи уговорились, что если и на сей раз царица и брат ее откажутся исполнить народную волю, то отлучить Бориса от церкви, а самим сложить с себя архиерейские ризы, одеться в простое монашеское платье и запретить везде церковную службу.