Только 1 сентября, т. е. в день нового 1599 года, совершилось венчание Бориса на царство с обычными обрядами в Успенском соборе. Царь и патриарх говорили друг другу приветственное слово. Но что было вне обычая и потому поразило современников, это, в ответ на патриаршее благословение, неожиданно и громко произнесенный Борисом следующий обет: «Отче великий, патриарх Иов! Бог свидетель, что не будет в моем царстве нищаго и сираго»! Взяв себя за ворот сорочки, он прибавил: «и последнюю рубашку разделю с ними!» Очевидно, притворное его смирение не выдержало до конца; вознесенный на царскую высоту, к которой стремился, и упоенный полным успехом, Борис дал волю охватившему его радостному чувству, на минуту забылся и торжественно произнес невыполнимое обещание. Иностранцы прибавляют, что он сверх того дал еще обет в течение 5 лет никого из преступников не казнить смертью, а только ссылать. Подобные обеты тем ярче бросались в глаза, что рядом с ними выдана была крестоцеловальная запись, которая хотя и не противоречила понятиям и обычаям времени, но слишком отзывалась недоверием к подданным со стороны царя, обличая его подозрительность, суеверие и робость. Присягавший по этой записи, кроме обещания помимо царя Бориса и его детей никого другого на Московское государство не искать (в том числе и Симеона Бекбулатовича), между прочим, клялся также — никакого лиха не учинять над государем, царицею и его детьми ни в еде, ни в питье, ни в платье или в чем другом, никакого лихого зелья или коренья не давать, ведунов и ведьм на государское лихо не добывать, по ветру никакого лиха государю и его семейству не посылать, следу их волшебством не вынимать, а если узнает о чьих-либо таковых замыслах, о том доносит без всякой хитрости и т. д.
Царское венчание сопровождалось роскошными пирами во дворце, угощением народа и многими милостями, каковы: пожалование разных лиц в высшие чины, т. е. в бояре, окольничие и пр., выдача служилым людям двойного годового жалованья, льготы торговым людям в платеже пошлин, а крестьянам и инородцам в податях и оброках и т. д. Ближе к престолу, разумеется, стали довольно многочисленные родственники Годунова; из них Дмитрий Иванович Годунов пожалован на конюшие, а Степан Васильевич в дворецкие. Борис старался также разными способами примирить с своим избранием и старые боярские фамилии, которые считали за собой больше прав на сие избрание. Между прочим, он породнился с Шуйскими и с Романовыми: брат князя Василия Ивановича Шуйского Димитрий был женат на царской свояченице, т. е. на младшей дочери Малюты Скуратова Екатерине Григорьевне, а Иван Иванович Годунов женился на сестре Романовых Ирине.
Первые годы царствования Бориса Годунова были как бы продолжением времени Федора Ивановича, что совершенно естественно; ибо правление оставалось в тех же руках. Внутри государства опытный и деятельный правитель много трудился над поддержанием благочестия, гражданского порядка и правосудия и действительно показывал заботу о бедных, вообще низших классах населения. Он сокращал число кабаков, вновь дозволил некоторые случаи перехода крестьян от одного помещика к другому, строго наказывал воров и разбойников. Умный Борис хорошо сознавал отсталость русского народа в образовании сравнительно с народами Западной Европы; поэтому мы видим у него повторение некоторых попыток к сближению с нею, напомнивших первую половину царствования Грозного.
Уже прежде заявив себя покровителем англичан и других иностранцев, Борис в свое царствование продолжал оказывать им особое внимание. Так, немецкие купцы, выведенные Грозным из ливонских городов и поселенные в Москве, где они сильно бедствовали, получили от нового царя взаймы по 300 и по 400 руб. без процентов и дозволение вести торговлю с разными льготными условиями; причем они причислены были к Московской гостиной сотне, т. е. прямо к высшему разряду туземного торгового сословия. Затем всех приезжавших в Москву немцев из Ливонии и Германии Борис весьма ласково принимал в свою службу, назначал им хорошее жалование и давал поместья с крестьянами. Эти немцы обыкновенно поступали в иноземный отряд царской гвардии. Подозрительный Борис, по-видимому, рассчитывал на преданность этого отряда более, чем на своих русских телохранителей. Кроме того, он поручал набирать за границей в русскую службу врачей, рудознатцев и разных мастеров. Он думал даже о заведении в Москве высшей школы с иностранными учителями, где русские юноши могли бы учиться также иностранным языкам. Но это намерение возбудило неудовольствие; духовенство говорило, что чужие языки могут возбудить расколы в Русской церкви и нарушить ее мир. Некоторые ревнители старины обращались к патриарху Иову и спрашивали его, зачем он молчит, видя такие затеи. Но смиренный, преданный Борису Иов, не решаясь противоречить ему, отвечал на подобные вопросы вздохами и слезами.