В числе лиц, оговоренных Башкиным, оказался игумен Артемий. Он принадлежал к заволжским старцам, проживал сначала в Псково-Печерском монастыре, а потом в одной Белозерской пустыни. Когда освободилось игуменство в Троице-Сергиевой обители, царь, очевидно знавший и уважавший Артемия, вызвал его в Москву, поселил в Чудов монастырь и поручил Сильвестру испытать его в книжных познаниях и добронравии. По одобрению Сильвестра, Артемия поставили игуменом у Троицы. Это было в 1551 году. Но Артемий, кажется, не был рад своему поставлению; он недолго оставался игуменом. Ученик его Порфирий приходил иногда к благовещенскому священнику Симеону и беседовал с ним. Симеон заметил в его суждениях что-то неправославное и сообщил о том Сильвестру. Сей последний стал приглашать к себе Порфирия и незаметным образом выведывать его сомнительный образ мыслей, о чем донес самому царю. Артемий, вероятно, заметил, что на него стали смотреть подозрительно; он сложил с себя игуменство и вместе с Порфирием снова удалился в Белозерскую пустынь. Во время своего пребывания вблизи Москвы он, по-видимому, имел тайные беседы с людьми, наклонными к вольнодумству, в том числе и с Башкиным. Его и Порфирия вызвали теперь в столицу под предлогом участия в соборе против еретиков и поместили в Андроников монастырь. Но узнав об оговоре Башкина, они убежали в свою пустынь. Однако их там схватили и снова привезли в Москву. Когда на соборе ему представили взведенные на него Башкиным обвинения в отрицании Св. Троицы, ико-нопоклонения и в прочих ересях, Артемий отвергал эти обвинения и выставлял себя человеком православноверующим. Но против него нашлись и другие свидетели. Особенно усердно свидетельствовал о нем игумен Ферапонтова монастыря Нектарий. Между прочим, он рассказывал, что Артемий хулил книгу Иосифа Волоцкого (Просветитель), а новгородских еретиков (т. е. мниможидовствующих) не хотел проклинать, хвалил немецкую веру и из Печерского монастыря ездил к немцам в Новый Городок (Ливонский Нейгаузен), не соблюдал поста, и во всю Четыредесятницу ел рыбу. Другие свидетели обличали разные его поступки: он возлагал хулу на крестное знамение; говорил, что умершие грешники не избавятся от муки, когда по ним поют панихиды и служат обедни; непочтительно отзывался о каноне Иисусовом и акифисте Богородичном, а когда ему сказали, что Матвей Башкин пойман в ереси, то он будто бы ответил: «Не знаю, что это за ереси; вот сожгли Курицына и Рукавого; а до сих пор не знают сами, за что их сожгли».
Артемий или упорно отвергал, или объяснял по своему все взводимые на него обвинения. Например: относительно умерших он говорил, что не избавятся от муки те, которые жили растленно и грабили других; о каноне сказал, что читают «Иисусе Сладчайший», а заповедь его не исполняют, в акафисте читают «радуйся, да радуйся чистая», а сами о чистоте не радят; о новгородских еретиках, по его словам, говорил только про себя самого, т. е. что он не знает, за что их сожгли, и т. п. Любопытно, что игумен Нектарий, как на свидетелей Артемиева богохульства и еретичества, сослался на трех монахов Ниловой пустыни и одного старца Соловецкого (Иосафа Белобаева). Но когда этих старцев призвали на собор, они не подтвердили сего обвинения, и это обстоятельство спасло его от смертной казни. Тем не менее собор осудил Артемия. Ему поставили в вину и недавнее бегство его из Андроникова монастыря, и его показание, будто бы он своевременно сознался своему духовнику в блудном грехе, который делал его недостойным принять сан игумена, тогда как духовный отец напротив утверждал, что он ни в чем ему не сознался. По этому поводу с Артемия сняли чин священства. А затем присудили его заточить в Соловецкий монастырь. Настоятелю сего монастыря Филиппу (впоследствии митрополиту) отправлена была соборная грамота, в которой означались все вины Артемия и поручалось подвергнуть его строгому одиночному заключению, чтобы он не мог никого соблазнять своим учением и своими писаниями; а если он не покается совершенно и не обратится от своего нечестия, то держать его в таком заключении до самого конца, и только перед смертью удостоить св. причастия. Соумышленников Башкина и Артемия также заточили в темницы по разным монастырям. Сам Башкин был заключен в Иосифовом Волоколамском монастыре. Относительно Артемия есть известие, что он бежал из Соловецкого монастыря и укрылся в Литовскую Русь, где потом явился поборником православия и писал послания против Семена Будного и других учителей Арианской ереси.