Презрение к отщепенцам со стороны православных немедленно выразилось в некоторых листах, вкратце оповещавших о решении собора и, вероятно, развезенных в разные края членами этого собора, разъехавшимися из Бреста. Между прочим, тут говорится, что «митрополит Рагоза и владыки полоцкий Германко, володимерский Потейко, луцкий Кривилко, холмский Збиражко, пинский Ионище» как сначала тайком и скрытно бегали к римскому папе, отступив от святого православия греческого, так и теперь явно приложились (к папе). «За что от латынян в замке (Берестейском?) были чествованы и как медведи
Последние слова выражали собственно надежды православных, а не действительность. Архиереи-униаты, покровительствуемые королем, остались на своих местах и получили полную возможность распространять дело унии в своих епархиях. Ближайшим следствием знаменитого Брестского собора 1596 года было распадение Западнорусской церкви на две части: униатскую и православную, дальнейшая борьба между которыми сделалась неизбежна. Эта борьба главным образом и обусловила развитие последующей истории в Западной Руси.
Король особым универсалом подтвердил окружную грамоту митрополита Рагозы о низложении епископов Львовского и Перемышльского; а экзарх цареградского патриарха протосинкел Никифор своей окружной грамотой, напротив, признавал означенных епископов теперь единственными архиереями в Западнорусской церкви, митрополита же и других епископов объявлял отверженными за их отступничество. Александрийский патриарх Мелетий Пигас, занявший около того времени кафедру Цареградскую, сначала в качестве местоблюстителя ее, а потом и патриарха, человек ученый, энергичный и вообще весьма достойный, подтвердил приговор Брестского православного собора и назначил своими экзархами для Западной Руси епископа Гедеона Балабана, архимандрита Кирилла Лукариса и князя Константина Острожского, которого увещевал не уставать в своих подвигах на защиту православия. В действительности, настоящим и деятельным экзархом явился епископ Гедеон. Любопытно, что, несмотря на неоднократно объявленные низложения, владыки той и другой сторон остались на своих местах. Хотя каноническая власть, издавна утвержденная за цареградскими патриархами, была на стороне православных, но без воли короля они не могли сместить иерархов-отщепенцев и на их место выбрать других. Зато и король, объявивший о низложении православных епископов, был связан присягой на pacta conventa, утверждавших свободу православного исповедания, а также не мог принимать решительных насильственных мер из опасения возбудить не только волнение, но и открытые мятежи со стороны многочисленной русской шляхты и всего русского народа, еще крепко державшегося веры своих предков. Уже на ближайшем генеральном сейме в Варшаве, в 1597 году, православные послы из русских областей настойчиво напоминали королю о pacta conventa и его присяге и защищала Брестский соборный договор. Поэтому Сигизмунд III свою бессильную злобу на православное духовенство выместил на председателе собора греке Никифоре, против которого представлено было нелепое обвинение, будто он не уполномоченный цареградского патриарха, а самозванец и турецкий шпион. По требованию короля князь Острожский проживавшего у него Никифора представил на суд сенаторский, но на этом суде не сумел его отстоять. Никифор был заключен в Мариенбургский замок, где потом и скончался, вероятно, не своей смертью.