Когда наступил день 6 октября, митрополит со своими единомышленниками отслужил литургию в соборном храме Николая, а потом прочитал обычные перед открытием собора молитвы. В это время православные, не получив никакого уведомления от митрополита, не знали, что предпринять. Пытались они собраться в каком-либо храме, но все храмы нашли запертыми по распоряжению Потея, как местного владыки. Не желая прибегать к насилию, они решили собраться в одном частном доме (Райского), где была обширная зала, служившая молельной протестантам. Отсюда они посылали депутацию к митрополиту с приглашением открыть собор. Но депутация не могла добиться даже свидания с ним. Православные немедля устроили свой особый собора причем они разделились на две части, или на два кола: духовное и светское, или рыцарское. Маршалом рыцарского кола был выбран один из волынских послов, Демьян Гулевич; а духовное коло назначило для наблюдения за порядком заседаний двух протоиереев, Нестора Заблудовского и Игнатия Острожского. Общепризнанным главой, т. е. председателем, православной части собора был старший член его экзарх Никифор как заместитель самого цареградского патриарха; душою же собрания явился энергичный Гедеон Балабан. А председателем униатской половины вместо робкого, нерешительного митрополита Рагозы выбран католический арцибискуп Дмитрий Суликовский.
Второй день собора, 7 октября, также прошел в пересылках православной части с униатской и в бесплодных попытках добиться какого-либо ответа от митрополита. Наконец, Рагоза «с яростию» объявил посланникам, что никакого ответа им не будет. Между тем назначенные на собор от короля католические сановники, по просьбе бискупов, снеслись с князем Острожским и взяли с него слово, что он не прибегнет к вооруженной силе и что спокойствие собора не будет нарушено. Затем, когда таким образом взаимные отношения сторон достаточно выяснились, на третий день собора, 8 октября, было при-ступлено к более решительным действиям. К митрополиту и владыкам вновь послана была депутация от православных с приглашением прибыть на общее заседание: приглашаемые на сей раз прямо ответили, что они уже соединились с Западной церковью и то, что сделано, изменено быть не может. Со своей стороны, от униатской части собора прибыли королевские послы с иезуитом Скаргой и вызвали из зала заседания князей Острожских; к последним, по желанию собора, присоединились по нескольку лиц от обоих кол, а также владыки Львовский и Перемышльский с некоторыми священниками. Послы напоминали, как оба эти владыки прежде заявляли о своем желании принять унию, как сам князь Острожский не был против нее; укоряли православных в том, что они собрались не в церкви, а в еретическом доме и главой себе поставили Никифора, беглого Грека и союзника турок, а также в том, что дозволяют мирянам вмешиваться в соборные деяния. В заключение именем Бога, короля и отчества приглашали их соединиться с католиками. На это приглашение православные ответили, что готовы принять унию, но только в том случае, если она будет произведена законным образом, т. е. с согласия патриархов и всей Восточной церкви. После того православный собор занялся делом Стефана Зизания и других виленских проповедников, отлученных митрополитом, которых и разрешил от этого отлучения.
На четвертый день собора униатская сторона, вместе с католическими епископами, отправила в храм Николая торжественное молебствие о соединении церквей; после чего с амвона во всеуслышание был прочитан самый акт унии, подписанный митрополитом и владыками, вместе с тем исповеданием веры, на котором Потей и Терлецкий присягнули в Риме. А затем униатская часть собора предала проклятию и объявила лишенными сана епископов Гедеона и Михаила, архимандритов и прочих духовных лиц, отказавшихся от унии, о чем на следующий день выдана была окружная соборная грамота. Эти ее деяния завершились разными торжествами, пиршествами и веселием. Но в то же время и православная часть собора подвергла заочному суду Михаила Рагозу и единомышленных ему владык за отступничество и постановила над ними приговор, подписанный всеми членами духовного кола и торжественно объявленный председателем экзархом Никифором: митрополит и епископы-отщепенцы лишались не только архиерейского, но и всякого духовного сана. Приговор этот был немедленно сообщен митрополиту и епископам-униатам. Затем члены и духовного, и светского кола подписали торжественный протест против унии, обязались не признавать духовной власти униатских иерархов и постановили просить короля об отобрании церковных имуществ от осужденных, а также о назначении других епископов и митрополита.