Владыки-отщепенцы после Брестского собора принялись вводить унию в своих епархиях, но во многих местах встретили большие затруднения и явное неповиновение своей власти. Так, древний город Киев, эта колыбель русского православия, опираясь на своего воеводу князя Острожского, решительно отказывал в повиновении митрополиту Рагозе и не обращал внимания на королевские грамоты. Король распорядился, между прочим, чтобы оставшийся верным православию архимандрит Никифор Тур покинул настоятельство знаменитой Киево-Печерской лавры, которая со всеми ее имуществами передавалась в непосредственное ведение митрополита. Но архимандрит отказался исполнить это распоряжение. Неоднократно королевские чиновники пытались удалить архимандрита; но их встречали старцы с вооруженными казаками, гайдуками и монастырской челядью и не пускали в монастырь. Так, Никифор Тур до своей кончины и оставался настоятелем Лавры. Более успеха имел митрополит в главном городе собственно Литовской Руси, т. е. в Вильне; здесь духовенство не нашло во властях и жителях такой опоры, как в Киеве, и признало власть митрополита-униата. Только Святотроицкое братство продолжало сопротивляться ему, за что терпело разные притеснения. А во время богослужения в своей церкви, на Пасху 1598 года, братчики подверглись наглому нападению со стороны студентов иезуитской коллегии. В Слуцке, во время объезда своей епархии, митрополит едва не был побит камнями. Зато в Новогрудке, обычной своей резиденции, он не встретил почти сопротивления, потому что местный воевода Скумин-Тышкевич, прежде бывший усердным противником унии, поддался его убеждениям и перешел на ее сторону. Самыми же ревностными распространителями унии — как и следовало ожидать — были главные ее деятели, т. е. Потей и Терлецкий, которые в своих епархиях всеми мерами принуждали духовенство к ее приятию. Другие епископы далеко не были так усердны, а Герман Полоцкий не только не принуждал священников, но, как говорят, даже не скрывал сожаления, что сам согласился на унию. Вообще для униатских владык скоро началось некоторое разочарование в тех надеждах, которые они питали при своем отступничестве. На них но посыпались ни почести, ни богатые пожалования от Речи Посполитой; король и не думал давать им обещанные места в сенате наряду с латинскими прелатами. Они скоро могли убедиться в том, что до равенства в правах и почете с высшим латинским духовенством им далеко, что последнее смотрит на них свысока и даже с некоторым пренебрежением.
Меж тем в лагере православных Брестская уния произвела чрезвычайное оживление и большое наряжение сил для обороны своей церкви. Из духовных особенную энергию обнаружил в этом деле епископ Гедеон Балабан, который не только охранял от унии свои епархии, но и в других, униатских, епархиях входил в сношения с православными, ставил им священников и удовлетворял разным церковным потребностям в качестве патриаршего экзарха, на что епископы-униаты тщетно приносили свои жалобы митрополиту и королю. А из мирян наибольшую энергию в это время показал знаменитый ревнитель православия князь Константин Острожский. Между прочим, по его почину православные вошли в переговоры с протестантами о союзе против общего их врага латинян, сильных в особенности ревностным покровительством короля. Острожскому помогал в сем случае зять его, знатнейший из протестантских вельмож виленский воевода Христофор Радивил. Представители особых исповеданий, т. е. православного и евангелического, в мае 1599 года съехались в Вильне в доме князя Острожского. Кроме сего князя и его сына Александра из русских вельмож здесь были, сохранявшие еще православие, князья Сангушко, Корецкий, Горский, Вишневецкие и некоторые другие. Члены съезда заключили политическую унию с целью оказывать взаимную поддержку и защиту своим храмам и духовенству против папистов везде, где будет нужда, а также сообща действовать для того в сенате и на сеймах. Уния эта хотя и не принесла всех ожидаемых от нее плодов, по разногласиям вероисповедным, тем не менее она оказала свою пользу во многих случаях.