Монашествующее духовенство, особенно нищенствующие ордена и цистерцианцы, несколько менее охотно доверяло королевскому правительству. Нищенствующие ордена были наделены папскими привилегиями, и они были менее уязвимы для давления со стороны королевских чиновников, поскольку у них было мало имущества и не было определенной юрисдикции. Их главные проблемы были доктринальными, и их мог решить только Папа. Цистерцианцы, как и нищенствующие ордена, были менее вовлечены в мирские дела, чем более старые монашеские ордена, и охотнее поддерживали Папу в его спорах с королем. Поэтому неудивительно, что доминиканцы из Монпелье и аббат Сито были самыми явными противниками попыток Филиппа созвать Вселенский Собор против Бонифация VIII. Однако, независимость французского монашествующего духовенства не следует преувеличивать. Аббаты и приоры служили в качестве дознавателей и посланников короля. Цистерцианский аббат Жуи служил казначеем во время борьбы короля с Бонифацием VIII и стал аббатом Сито, когда его предшественник был вынужден уйти в отставку, потому что отказался поддерживать обвинения против Папы. Цистерцианцы, пусть и неохотно, но выплачивали свою долю десятины, наложенную на французское духовенство. Хотя точные статистические данные отсутствуют, похоже, что самые большие платежи за амортизацию выплачивали монастыри, которые не могли добиться такого количества освобождений от этих сборов, как светское духовенство. Наконец, монашествующее духовенство принимало юрисдикцию Парламента так же охотно, как и светское духовенство. Бывали сессии, на которых количество дел, касающихся монастырей и приорств, значительно превышало количество дел, касающихся епископов и капитулов.
Поскольку светское духовенство доверяло королю не меньше, чем Папе, сильной оппозиции королевскому вмешательству в выбор епископов, соборных сановников и каноников не возникало. Капитулы в любом случае теряли свободу выборов, и поэтому существовало некоторое преимущество в том, чтобы король, а не Папа, выдвигал кандидатуры. Король мог назначать членов своего Двора, но это были люди, связанные родственными или клиентскими узами с лидерами французской Церкви. Папа, вплоть до 1305 года, мог назначать на вакантные должности своих итальянцев, тем самым уменьшая количество бенефиций, доступных для уроженцев королевства. Избрание, в 1305 году, Климента V не принесло серьезных изменений, поскольку новый Папа тоже отвергал королевских кандидатов, и выбирал гасконцев, очень часто членов своей собственной семьи. Это не устраивало духовенство остальной Франции, особенно когда стало очевидно, что все эти родственники Климента не очень компетентны. Например, Бернар де Фаржи потерпел неудачу в качестве архиепископа Руана и ему пришлось обменяться должностями с Жилем Айселином, архиепископом Нарбона и одним из главных советников короля. Этот обмен означал значительное увеличение дохода для Айселина, но большинство политически сознательных французов сказали бы, что он это заслужил, поскольку был способным и честным государственным служащим.
Короче говоря, французская Церковь, похоже, пришла к выводу, что ее благосостояние может быть лучше всего сохранено путем сотрудничества с прелатами, которые были королевскими чиновниками и друзьями короля. И этот вывод не был ошибочным. Насколько можно судить по записям, решения Парламента в делах, касающихся духовенства, были справедливыми. В ордонансах, касающихся Церкви, неоднократно предпринимались попытки устранить недовольство духовенства. Проблема, конечно, заключалась в том, чтобы убедиться, что решения центрального правительства выполняются на местном уровне.