Восстание это было необычно тем, что дунгане (так местные называли хуэй-цзу) и туркестанцы действовали сообща. В этом смысле его можно назвать восстанием мусульман против маньчжурской власти. Однако этому союзу не суждена была долгая жизнь. Уход династии Цин из региона развязал руки сразу нескольким группам – бекам, ходжам, дунганам и кочевникам; все они вступили в напряженную борьбу за власть. В Или союз дунган и таранчей распался вскоре после победы. Развязав открытую войну, таранчи победили и в 1866 году назначили султаном человека по имени Абуль-Ала Хан. В Кашгаре волнения развернулись по иному сценарию. Восстание дунган отразила и цинская крепость, и мусульманский старый город, где местный цинский губернатор Кутлуг-бек устроил резню дунган. Дальнейший ход событий не совсем ясен, но, похоже, Кутлуг-бек обратился к киргизскому племени турайгирских кипчаков за помощью в борьбе с дунганами, а потом испугался, что их вождь Сиддик-бек сам захватит город. Оказавшись в тупике, Сиддик принял судьбоносное решение обратиться за помощью к Алимкулу, фактическому правителю Коканда. Это подготовило почву для последнего вторжения ходжей в Алтышар.
Несмотря на то что в Ташкенте его осаждали российские войска, Алимкул отправил в Кашгар Бузурга Ходжу, лучшего афак-ходжу в своем поколении, с небольшой свитой под командованием надежного товарища по имени Якуб-бек. Бузург Ходжа получил строгий наказ не вмешиваться в дела вроде «взятия и отдачи, наказания и казни, увольнения и назначения», то есть фактически в деятельность правительства{55}
. Его работа состояла в том, чтобы служить символом единства повстанцев в Кашгаре. После краха династии Цин старые связи Коканда и Алтышара обрели новую форму. В январе 1865 года Бузург Ходжа прибыл в Кашгар, и население приветствовало его, а затем ополчилось на киргизов и изгнало их из города. Но по-настоящему выиграл от этого Якуб-бек. Прибыв в город, он сразу же сам приступил к захвату власти. Его успехи были ошеломительны, и через несколько месяцев он не только взял под контроль Кашгар, но и начал завоевания, в результате которых у него под контролем оказался весь Алтышар. У армии Кучи, состоявшей из добровольцев с минимальной военной подготовкой, не было ни малейших шансов выстоять против воинов Якуб-бека, и тот разгромил киргизов Сиддик-бека и кашгарских дунган. Якуб-беку помогли войска, бежавшие от русских в Фергану. К 1867 году он захватил власть над всем Алтышаром. В 1870 году конфликт с дунганами привел его на восток, где он разграбил Урумчи и Турфан и присоединил их к своим владениям. Так кокандскому воину удалось создать в Алтышаре новое государство.