Иезуит Варгас Угарте признает, что прелаты епархии Рио-де-ла-Платы встали на сторону испанского колониального режима, когда 25 мая 1810 г. началось движение за независимость, ибо «учитывая их прошлое и обстановку, иначе они не могли поступить». Почему? Оказывается, не потому, что церковь была связана с колониальными захватчиками и заинтересована в колониальной эксплуатации, а потому, объясняет Варгас Угарте, что у церковников не оказалось... «достаточно времени» на переориентацию, и «аргентинские революционеры, отличавшиеся своим радикализмом, закрыли им путь к соглашению и осудили пх на изгнание»91
. Получается, что ответственность за контрреволюционную деятельность духовенства несет вовсе не оно, а патриоты, против которых выступали церковники. Поистине иезуитская логика!Образование Патриотической хунты в Буэнос-Айресе было встречено враждебно местным епископом Бенито Луэ-и-Риега, умершим в 1812 г. После него временно епархию возглавил священник Мариано Медрано.
Епископ Кордобы Родриго Антонио де Орельяна был одним из главарей происпанского заговора во главе с Линьерсом. Руководителей заговора по приказу патриотических властей расстреляли. Орельяна отделался арестом. Находясь под стражей, он писал властям послания, в которых заверял в своем патриотизме. Ему поверили и отпустили, но он вновь принялся организовывать заговоры и снова угодил за решетку. Вскоре Орельяне удалось бежать и возвратиться в Испанию, где он был. назначен архиепископом Авили и откуда вел кампанию клеветы против патриотов.
Епископ Сальты креол Николас Виделя дель Пино тоже враждебно встретил движение за независимость. Он вошел в контакт с генералом Гойенече, командующим испанскими войсками в Горном Перу, которому сообщал сведения о передвижении войск патриотов. Пойманный с поличным, Виделя был выслан в 1812 г. в Буэнос-Айрес и заключен под арест. Приказ о его высылке отдал командующий армией патриотов генерал Бельграно, известный своей набожностью. Виделя умер в 1812 г., так и не вернувшись в Сальту. Таким образом, все три епархии Аргентины оказались в результате войны за независимость без своих глав.
Решительные меры аргентинских патриотов выдавались испанцами и сочувствующим им духовенством за преследование религии. Командующий испанскими войсками Гойенече и помогавшие ему церковники разжигали фанатизм солдат, утверждая, что душа того, кто погибнет в войне с патриотами, «вознесется в рай». Испанцы клеветали на сторонников независимости, называли их антихристами, учениками дьявола, последователями сатаны, сторонниками религиозной войны.
Это заставило патриотов наряду с мерами против контрреволюционного духовенства применять и такие, которые опровергали обвинения в их адрес в безбожии и враждебности к атеизму. В армии были учреждены должности капелланов, на которые назначались антииспански настроенные креолы, зачастую вовсе не священники, устраивались молебны в честь победы над испанцами, бойцам разъясняли, что религия не противоречит независимости и что ее сторонники не преследуют верующих. Особенно усердствовал генерал Бельграно, которого более радикальные креолы называли «лицемером». Несомненно, однако, что действия Бельграно диктовались потребностями войны с испанцами.
Учитывая враждебное отношение церковных властей к независимости, Патриотическая хунта Буэнос-Айреса взяла под свой контроль капитулы и монастыри и предписала всем священникам читать с амвона прихожанам орган хунты «Гасета де Буэнос-Айрес». Стараниями священников, действовавших по указанию новых властей, из церковных книг были исключены места, в которых возносились молитвы sa испанского короля. Вместо этого священники стали молиться .та свободу, а потом и за республику. Все это совершалось без санкции папского престола. Церковные власти оговаривали, что изменения будут впоследствии согласованы с папой римским.
Важные решения, ставившие церковников в зависимость от правительства патриотов, были приняты конституционной ассамблеей, заседавшей в Буэнос-Айресе в 1813 г. Суверенная (конституционная) ассамблея объявила духовенство независимым от каких-либо духовных властей за пределами Объединенных провинций Рио-де-ла-Платы. Монашеские ордена тоже были объявлены независимыми от их руководства, находящегося за пределами страны. Вступление в монашеское состояние особам моложе 30 лет запрещалось. Ассамблея отменила право папского нунция в Мадриде вмешиваться в церковные дела страны, а местную церковь объявила независимой от Испании. Для руководства монашескими орденами ассамблея учредила специальный комиссариат во главе с назначаемым правительством церковником. Эти решения ассамблеи фактически вели к образованию аргентинской пациональной церкви.