В крепости имелось семь деревоземляных укреплений с двойными валами, построенными в 1878—1880 годах. Четыре из них располагались на высотах, непосредственно примыкающих к городу с севера, и два на полуострове Саперном острова Русский. С годами эти временные укрепления из-за частых сильных ливней обветшали и были заброшены гарнизонным начальством.
Накануне войны Владивостокская крепость находилась явно в неудовлетворительном состоянии. Особенно это касалось ее артиллерийской вооруженности, долговременных крепостных сооружений и оборудования порта. Военный министр А.Н. Куропаткин после посещения Владивостока со всей откровенностью записал в своем дневнике следующее впечатление от увиденного:
«Общее впечатление неблагоприятное — не вижу идеи в применении к местности. Садили батареи и укрепления там, где по местности это было выгодно, не связывая общей идеей то, что делали...
Артиллерийское вооружение в общем устарелых образцов».
Однако посещение военным министром Владивостока имело позитивный результат. Был принят ряд мер по усилению крепости, однако намеченные фортификационные работы к началу Русско-японской войны не были завершены. Главная линия обороны, проходившая в 3—5 километрах от города и состоявшая из северного и южного фронтов, имела ряд укреплений, соединенных непрерывной оградой.
С суши и со стороны Японского моря оборона города-крепости опиралась на пять фортов, три люнета, два редута, два временных укрепления и 11 открытых артиллерийских батарей. Во время Русско-японской войны в крепости сооружено было много окопов, блиндажей и других сооружений полевой фортификации.
Сильным от природы форпостом Владивостокской крепости являлся остров Русский, с крутыми, обрывистыми берегами и с несколькими удобными, защищенными со стороны моря бухточками. В северной части острова Русский были сооружены два форта и пять открытых батарей. Близость к городу позволяла в трудную минуту усиливать гарнизон острова, а созданная система наблюдения и оповещения гарантировала безопасность от внезапного появления вражеского флота перед крепостью.
Главная линия обороны по своей дальности не обеспечивала защиту города Владивостока от артиллерийского обстрела японцами с моря. На вооружении Владивостокской крепости состояло 400 орудий, из которых крепостных, крупнокалиберных было только 80.
Опасность состояла в том, что в случае японского десанта на юге Приморского края и осады крепости Владивосток ее защитникам крайне трудно было бы вести с неприятелем контрбатарейную борьбу. Японская армия имела большой парк тяжелых осадных орудий, который насчитывал от 120 до 180 единиц.
...То, что устройство морских крепостей России на Дальнем Востоке оставляло желать много лучшего, беспокоило многих военных руководителей. Первым заявил об этом контр-адмирал С.О. Макаров, который за десять лет (!) до начала Русско-японской войны в докладе морскому министру вице-адмиралу Ф.К. Авелану указывал, что активные действия японцев против России на Дальнем Востоке, вероятнее всего, начнутся с нападения на русский флот с целью его уничтожения.
В новой секретной записке начальника Кронштадтского порта уже вице-адмирала С.О. Макарова, направленной в Главный морской штаб 8 марта 1900 года, тревожно подчеркивалось:
«Сухопутная оборона Порт-Артура 22 версты, местность крайне пересеченная, и на нее назначают лишь 200 орудий, хотя подкомиссия, проектировавшая вооружение Порт-Артура, требовала 477 орудий. Представляется существенная опасность, чтобы полумера эта не имела пагубных последствий...
Япония прежде всего займет Корею, а нашему флоту, оперирующему вдали от баз, будет невозможно помешать высадке японцев в каком угодно месте. Заняв Корею, японцы двинутся к Квантунскому полуострову и сосредоточат там более сил, чем у нас. Это будет война за обладание Порт-Артуром. Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке».
Как же в Главном морском штабе откликнулись на макаровскую секретную записку? Управляющий Морским министерством адмирал П.П. Тыртов в своей резолюции обвинил будущего героя порт-артурской эпопеи чуть ли не в паникерстве. В тыртовской резолюции, среди прочего, говорилось:
«...Не могу не обратить внимания адмирала Макарова на его несколько пессимистический взгляд на оборону Порт-Артура».
Аналогичный вывод о возможности внезапного нападения на русскую Тихоокеанскую эскадру в месте базирования (в Порт-Артуре) был сделан и на основании стратегической игры, проводившейся в Морской академии в 1902—1903 годах. Однако и он не был принят во внимание и сдан на хранение в архив.
...Как известно, Русско-японская война 1904—1905 годов началась с внезапного нападения в ночь на 9 февраля миноносных сил Соединенного флота адмирала Хэйхатиро Того на русскую эскадру, стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура.