Командование Брянского фронта согласилось со всеми предложениями Ставки, хотя управление 21-й армией было крайне затруднено в связи с ее большой удаленностью. Одновременно Еременко просил, чтобы управление 3-й армии, остававшейся без войск, было также передано Брянскому фронту для формируемой новой армии. Эту армию впоследствии поставили на участке между 50-й и 13-й армиями, подчинив ей по 2 фланговых дивизии от каждой из этих армий. Еременко просил также ускорить назначение командующим 13-й армией генерал-майора А. М. Городнянского (командира 129-й стрелковой дивизии), а командующим 3-й армией — генерал-майора Я. Г. Крейзера (командира 1-й Московской Пролетарской мотострелковой дивизии). Свою просьбу он мотивировал тем, что оба генерала проверены в боях на Западном фронте и показали себя волевыми начальниками. Ставка с ним согласилась.
В заключение переговоров командующий фронтом дал высокую оценку действий штурмовиков Ил-2, недавно поступивших в распоряжение фронта, но уже отлично проявивших себя, и заверил Ставку, что фронтом будет предпринято все возможное, чтобы нанести серьезное поражение войскам Гудериана.
Как видно из этих переговоров, Ставка предприняла расформирование Центрального фронта, оборонявшего тот участок, на который, как выяснилось позже, противник переносил направление главного удара. Последующее развитие событий показало, что с расформированием этого фронта, по-видимому, поспешили. Командование Брянского фронта согласилось с этими предложениями, так как тоже не знало об изменении направления удара немецким командованием. По-видимому, Ставка Верховного Главнокомандования не получила сведений об этом и позднее. Об этом, в частности, свидетельствует ее директива от 30 августа о наступлении войск Брянского и Резервного фронтов, которой предусматривался удар 50-й армии на Рославль.
Здесь следует сказать об одном обстоятельстве, которое облегчило наступление германских войск на юг. За левой границей Брянского фронта, проходившей по линии Новгород-Северский — Могилев, на правом крыле Центрального фронта, в результате больших потерь и отхода его армий образовался разрыв в 30–40 км. Германское командование воспользовалось этим и 26 августа начало оказывать давление на левый фланг 13-й армии Брянского фронта и правый фланг 21-й армии Центрального фронта, которая предназначалась для передачи в состав Брянского фронта, но еще не была им принята. По указанию Ставки на угрожаемое направление должна была к 15 августа выйти из района Конотоп 40-я армия. Однако эта армия, выдвигаясь в назначенный район, вступила в бой с противником и не смогла закрыть образовавшийся разрыв.
В эти же дни немецкая пехота при поддержке танков повела наступление на левый фланг 50-й армии на Почеп, а не на правый, как командование фронта ориентировала Ставка. С 24 по 30 августа велись напряженные бои на всем фронте 13-й армии и на левом крыле 50-й армии. У Брянского фронта начался период ожесточенных боев с одной из сильнейших танковых групп противника — группой Гудериана.
В этот период хорошо действовала авиация фронта, усиленная за счет резервов Главного Командования. К 28 августа фронту была подчинена резервная авиационная группа Главного Командования, и действия авиации на Брянском фронте после перехода в его распоряжение «богодуховской авиагруппы» заметно усилились.
Так, 27 августа было произведено всего 100 самолето-вылетов, из них: на бомбометание — 38, прикрытие и патрулирование — 34, на разведку — 16, штурмовые действия — 12. В воздушных боях было сбито 3 немецких самолета. При налете на немецкие мотомехколонны в районе Новгород-Северский было уничтожено до 15 танков и 21 автомашина. Однако остановить танковые колонны вермахта эти удары не могли.
С утра 28 августа 47-й немецкий танковый корпус, действовавший ранее на фронте 50-й армии, силами 17-й и 18-й танковых дивизий, 29-й моторизованной дивизии и двух бронетанковых батальонов повел наступление в общем направлении на Трубчевск и южнее, нанося концентрические удары главными силами на Почеп — Семцы — Мосточная, охватывая южный фланг фронта у населенных пунктов Погар и Трубчевск, и вспомогательные удары — в направлении на станцию Знобь.
К этому времени части 13-й армии, отходившие в район Унеча — Стародуб для занятия обороны в составе Брянского фронта на рубеже Почеп — южнее Стародуба, завязали на реке Судость бои с танковыми дивизиями противника. Не выдержав его натиска и понеся значительные потери, части 13-й армии начали отходить за реку Десна.
29 августа командующим Брянским фронтом был отдан боевой приказ № 07. В нем 50-й армии, которая вела ожесточенные бои в районе Почепа, предписывалось удерживать прежние рубежи. 13-я армия получила задачу нанести контрудар в направлении Погар — Воронок. Контрудар наносился по боевым порядкам танковых групп противника, наиболее вклинившимся в оборону советских войск. Фронтовая авиация 29, 30 и 31 августа прикрывала выдвижение войск, наносящих контрудар, и в дальнейшем должна была взаимодействовать с ними.