Враги Галилея сразу заметили это обстоятельство, тем более, что книга Галилея очень быстро распространялась, читалась нарасхват и произвела в Европе необыкновенное впечатление. Они без труда убедили папу Урбана VIII, что книга Галилея представляет «большую опасность для всего христианства», так как в ней дерзко противопоставляется авторитет научных аргументов (знание) церковному авторитету (вере). Они указывали на то, что внешний вид скромного подчинения скрывает под собой иронию гордого ума, умышленно показывавшего, с одной стороны, будто бы нелепость, которой надлежит держаться, с другой стороны, очевидность, которую требуется отрицать. Как рассказывает сам Галилей в письме к Диодати, они говорили папе, что «эта книга Галилея ужаснее и для церкви пагубнее писаний Лютера и Кальвина», так что она должна быть запрещена, а ее автор должен быть наказан как еретик. При этом они внушили папе, что книга задевает его самого, ибо в речах добродушного, простоватого и недальновидного, хотя и очень образованного, Симпличио очень часто попадаются слова и выражения (между прочим, распространенный в то время в богословских кругах аргумент о невозможности подчинить всемогущего бога необходимости), слышанные Галилеем от самого святейшего отца во время многократных бесед об учении Коперника.
Все это, конечно, произвело чрезвычайное впечатление на Урбана VIII, ясно увидевшего, что специально астрономический, строго научный вопрос приобрел значение общего вопроса о новом мировоззрении, которое, будучи построено на опыте и наблюдении, колеблет веками установившиеся взгляды, защищаемые богословием. В результате Галилей 30 сентября 1632 г. получил через инквизитора Флоренции приказание немедленно явиться в Рим к комиссару инквизиционного судилища.
Когда тосканский посланник Никколини получил от великого герцога Фердинанда II (которому Галилей посвятил свой «Диалог») приказ сделать все возможное для смягчения Урбана VIII, он явился 5 сентября 1632 г. к папе. Последний при первых же словах пришел в сильнейший гнев и воскликнул: «Ваш Галилей вступил на ложный дуть и осмелился рассуждать о самых важных и самых опасных вопросах, какие только можно возбудить в наше время!». Точно такой же ответ получил Никколини от папы на аудиенции 18 сентября, за 5 дней до решения «святого» судилища о предании Галилея суду. «Уже 16 лет, — говорил ему папа Урбан VIII, — осуждены защищаемые Галилеем мнения, и он запутал себя в сложном деле. Вещь очень опасная и книга крайне вредная. Дело хуже, чем думает великий герцог, — прошу ему написать. Он не должен терпеть, чтобы Галилей развращал своих учеников и передал им опасные воззрения».
Никколини совершенно правильно писал 19 февраля 1633 г. (уже после прибытия Галилея в Рим на суд) к герцогу: «Так как папа объявил учение Галилея дурным, то против него выступят все и, если бы даже ответы его были признаны удовлетворительными, не захотят показать, что сделали холостой выстрел, с таким треском вызвав Галилея в Рим». Поэтому Никколини, хорошо знавший инквизиционных судей, говорил Галилею, думавшему вначале защищаться, что единственное средство смягчить приговор — не отстаивать своих убеждений и подчиниться всему, чему учит церковь по вопросу о движении Земли. А одну из своих депеш Никколини закончил словами: «Хуже не мог бы быть расположен папа к нашему бедному Галилею».
По-видимому, до этого момента у Галилея теплилась надежда, что католицизм в конце концов согласится с его образом мыслей, подчинится неотразимым научным фактам и доводам, что коперникова система будет, наконец, оставлена в покое папой и церковью. Но, получив приглашение на суд инквизиции, он сразу понял, что исход этого процесса — тяжбы о взаимоотношениях между знанием и верой — предрешен, так как в нем голос может принадлежать лишь одной стороне: церковному «авторитету».
Ссылаясь на болезнь, на тяжелый путь, на карантин по случаю чумы и т. п., старик просил отсрочить вызов или рассмотреть его дело во Флоренции, но ему ответили, что если он не поторопится выехать, комиссия римской инквизиции и папский медик отправятся за счет обвиняемого во Флоренцию к Галилею и в цепях доставят его в Рим. После некоторых проволочек семидесятилетний Галилей подчинился и еле-еле добрался до Рима, где 22 июня 1633 г. инквизиция заставила великого ученого произнести слова «отречения».