В 1957 г. в составе Миисредмаша было создано Главное управление, в обязанности которого входила спецприемка ядерных боеприпасов (ЯБ), сопровождение в войска, подготовка войсковых специалистов для их обслуживания, а также строительство и эксплуатация объектов хранения. Поскольку структура была укомплектована исключительно военными, в 1959 г. ее полностью переподчинили Министерству обороны, где она влилась в Ракетные войска стратегического назначения.
Прямые обязанности офицеров 12-го главка начинаются с момента подписания спецкомиссией акта о приемке изделия на заводе. Боеприпас вместе с комплектующими блоками помещался в транспортный контейнер. О том, что именно находится внутри опломбированного контейнера, знал только руководитель группы, подписывающий специальный секретный акт приемки, в котором детально описано содержимое контейнера. После этого контейнер перевозится на подведомственный 12-му ГУМО объект предзаводского хранения, расположенный на границе охранного периметра завода-изготовителя ядерного устройства. Здесь происходила смена караула внутренних войск МВД, охранявшего ядерные устройства, их компоненты и радиоактивные материалы на комбинате Министерства среднего машиностроения. В караул заступало специальное охранное подразделение 12-го ГУМО. И только после этого ядерные заряды со всей необходимой документацией могли быть переданы заказчику — 6-му управлению ВМФ СССР.
В дальнейшем управление ВМФ информировало 12-е ГУМО обо всех перемещениях боеприпасов (их передаче с объектов хранения в части боевого применения, прием из частей в хранилища, осуществлении регламентных работ и т. д.). Такая практика позволяла 12-му ядерному главку контролировать местонахождение и техническое состояние каждого отдельного боеприпаса на протяжении всего его жизненного цикла вплоть до снятия с вооружения и передачи для разборки на предприятие-изготовитель.
Выдача Я Б (ядерных боеприпасов) в части боевого применения осуществлялась только по приказу 6-го управления ВМФ СССР, согласованному с 12-м ГУМО. Основанием для такого приказа являлись утвержденный Генеральным штабом план боевого дежурства, либо оперативный план действий в военное время. По окончании гарантийного срока службы боеприпас передавался 12-му ГУМО.
Все советские хранилища ЯБ были расположены в малонаселенных труднодоступных районах страны, что значительно облегчало безопасное хранение ядерных изделий. Арсеналы имели несколько степеней защиты — наружное ограждение, электронные и другие средства наблюдения. Хранилища должны выдерживать прямое попадание авиабомбы, оснащены системами жизнеобеспечения и пожаротушения.
Генеральный штаб Вооруженных сил СССР контролировал движение груза на всем пути следования через спутниковую систему наблюдения. По маршруту спецэшелона выделялись резервные подразделения Минобороны, МВД, КГБ, которые в случае транспортной аварии, пожара или нападения на состав должны по сигналу тревоги прибыть на место происшествия и обеспечить защиту груза. Схема защиты еще ни разу не подвела: не зафиксировано ни одной серьезной ситуации на транспорте или попытки завладеть опасным грузом.
От главного оружия сверхдержавы старались держаться подальше. Изделие, изготовленное с использованием трития, изрядно «фонило». Тритий используется в термоядерной реакции бустирования (усиления) первичного узла ядерного боезаряда. Термоядерный заряд — многоступенчатое взрывное устройство. Гигантская температура взрыва плутония возбуждает реакцию синтеза ядер трития с выделением еще большей энергии, которой можно «поджечь» заряд третьей ступени… Термоядерный взрыв может быть сколь угодно мощным.
Еще одна обязательная процедура, без которой выход в море был невозможен — нацеливание ракет. Ее всегда проводили приезжие офицеры 4-го управления ТОФ под плотной опекой особистов. Как они там священнодействовали, офицеры субмарины не знали. В тот момент никто, кроме командира корабля, не имел права находиться в четвертом ракетном отсеке. Все было продумано и устроено так, чтобы в любой ситуации моряки не прикасались к ракете руками. На смотровые лючки ракетных шахт накладывались пломбы, самовольное нарушение которых содержало состав государственного преступления.
Кирилл Борисович Молоканов, служивший в то время в 4-м отделе Камчатской военной флотилии, свидетельствует: 24 февраля на К-129 были погружены три ракеты Р-21. Генеральные испытания прошли без замечаний. Подводная лодка была признана готовой к выходу в море. Это произошло, надо понимать, в ночь с 23-го на 24-е. Если бы вдруг генеральные испытания не прошли, выгрузить ракеты для осмотра или замены до утра успеть можно, а погрузить снова, однозначно, — нет. Поэтому, чтобы не рисковать назначенными сроками выхода в море, ракеты всегда грузили на лодку сутками раньше.
По свидетельству В. Дыгало, к берегу лодка больше не подходила. От причала технического полигона ее сразу отвели на рейдовую стоянку под охрану малого противолодочного корабля.