В дни «оранжевой революции», в декабре 2004 года, Пискун оспорил своё увольнение в суде, добился восстановления в должности генерального прокурора, привёл с собой старую команду и возобновил расследование. Служба безопасности Украины объявила в розыск Алексея Пукача, который, как сообщил Святослав Пискун, является ключевым подозреваемым и свидетелем в «деле Гонгадзе».
01 марта 2005 года Виктор Ющенко официально заявил, что убийцы Георгия Гонгадзе задержаны. Раньше, по мнению президента, правоохранительные органы не могли раскрыть убийство Гонгадзе, поскольку «предыдущая власть не только не обладала политической волей для его раскрытия», но и «была крышей для убийц». По словам Виктора Ющенко, ему теперь стало понятно, почему при предыдущем генеральном прокуроре страны Геннадии Васильеве убийство не было раскрыто, а следственная группа по этому делу была распущена.
03 марта 2005 года генеральный прокурор Украины Святослав Пискун заявил, что его подчинённые намерены на следующее утро допросить бывшего главу МВД Юрия Кравченко. Депутат Верховной Рады Григорий Омельченко, глава парламентской комиссии по расследованию резонансных дел, в тот же день предложил немедленно арестовать Кравченко, поскольку он «находится на грани самоубийства», а также бывшего начальника Службы безопасности Украины Леонида Деркача и самого Леонида Кучму.
04 марта 2005 года главный свидетель Юрий Кравченко был обнаружен мёртвым на своей даче в элитном поселке «Золотые ворота» в Конча-Заспе под Киевом. Кравченко скончался от двух огнестрельных ранений в голову. По мнению следствия, экс-министр покончил жизнь самоубийством.
23 ноября 2005 года Апелляционный суд Киева принял к рассмотрению уголовное дело по обвинению Николая Протасова, Валерия Костенко и Александра Поповича в преднамеренном убийстве журналиста Георгия Гонгадзе. Слушание прошло в закрытом режиме.
19 декабря 2005 года прошло очередное слушание дела об убийстве Георгия Гонгадзе. Слушание прошло в закрытом режиме, что вызвало критику со стороны СМИ. Даже Виктор Ющенко пообещал тогда, что обратится к суду с просьбой, «чтобы эта процедура проходила открыто, чтобы там были журналисты и камеры».
09 января 2006 года Апелляционный суд Киева начал рассмотрение по существу уголовного дела об убийстве журналиста Георгия Гонгадзе.