29 августа 2006 года мать погибшего, Леся Гонгадзе, заявила, что отказывается от участия в дальнейших процессах, поскольку не доверяет ни ходу расследования, ни 12 июня 2007 года Апелляционный суд Киева продолжил рассмотрение дела об исполнителях убийства журналиста Георгия Гонгадзе в открытом режиме.
25 июня 2007 года Апелляционный суд Киева продолжил рассмотрение дела об исполнителях убийства журналиста Георгия Гонгадзе в открытом режиме. В убийстве журналиста обвиняются три бывших сотрудника Департамента внешнего наблюдения и уголовной разведки МВД Валерий Костенко, Николай Протасов и Александр Попович. Ещё один обвиняемый — бывший руководитель упомянутого департамента МВД Алексей Пукач — находится в розыске.
15 марта 2008 года Апелляционный суд Киева приговорил обвиняемых в убийстве Георгия Гонгадзе Николая Протасова к 13 годам лишения свободы, Валерия Костенко и Александра Поповича к 12 годам лишения свободы; 8 июля того же года Верховный суд Украины оставил приговор без изменения. Николай Протасов скончался в Менской колонии в апреле 2015 года.
22 июля 2009 года задержанный накануне украинскими правоохранительными органами бывший руководитель департамента внешнего наблюдения и криминальной разведки МВД Украины генерал Алексей Пукач признал свою причастность к убийству Георгия Гонгадзе и назвал имена заказчиков, согласно заявлению заместителя главы Службы безопасности Украины Василия Грицака.
24 июля 2009 года Генеральная прокуратура Украины предъявила Пукачу А. П. обвинения в убийстве Гонгадзе и ряде других преступлений, таких как похищение Подольского и уничтожение документов.
28 июля 2009 года в селе Сухолесы (Белоцерковский район), на месте, указанном во время допроса Алексеем Пукачом, были найдены фрагменты черепа, предположительно принадлежащие Георгию Гонгадзе; там же 31 июля экспертами были найдены резиновые перчатки, в которых Алексей Пукач осенью 2000 года мог обезглавливать труп журналиста.
10 сентября 2010 года по данным издания «Зеркало недели», досудебное следствие в деле по обвинению Алексея Пукача в убийстве журналиста Георгия Гонгадзе закончено. По данным ЗН, кроме бывшего начальника департамента наружного наблюдения МВД Украины Алексея Пукача других обвиняемых нет.