22 марта 2011 года заместитель генерального прокурора Ренат Кузьмин заявил, что против Леонида Кучмы возбуждено уголовное дело по подозрению в причастности к убийству Гонгадзе. Ему был ограничен выезд за пределы Украины. На следующий день он прибыл на допрос в генпрокуратуру, но отказался от очной ставки с Николаем Мельниченко.
24 марта у Кучмы была очная ставка с Алексеем Пукачем, после которой ему были выдвинуты обвинения. По его словам, обвинение базируется на плёнках и показаниях Николая Мельниченко и Александра Мороза. 4 апреля всё-таки состоялась очная ставка Кучмы и Мельниченко. 26 апреля было объявлено о завершении расследования.
21 октября 2011 года конституционный суд обнародовал решение, согласно которому обвинение в совершении преступления не может основываться на данных, полученных незаконным путём. 14 декабря того же года Печерский суд Киева отменил постановление генпрокуратуры о возбуждении уголовного дела в отношении Кучмы, признав возбуждение дела незаконным.
29 января 2013 года Алексей Пукач приговорен к пожизненному лишению свободы за убийство Георгия Гонгадзе
В приговоре в частности сказано:
* * *
Примерно 13–14 сентября 2000 года в своем служебном кабинете в городе Киеве по улице Богомольца, 10 министр внутренних дел Кравченко Ю. Ф. устно отдал начальнику ГУКП МВД Украины Пукачу А. П. явно преступный приказ — убить журналиста Гонгадзе Г. Р. для прекращения таким образом журналистской деятельности
* * *
Убийство было совершено в ночь на 17 сентября 2000 года в лесу в Киевской области сотрудниками милиции Протасовым, Поповичем, Костенко и Пукачем.
Примерно в полночь Попович, по указанию Пукача, недалеко от места остановки автомобиля, в котором уже находился Гонгадзе, выкопал лопатой яму, приблизительной шириной 70 см и глубиной метр. В это время Протасов и Костенко оставались в служебном автомобиле Hyundai Sonata, удерживая Гонгадзе. Далее Протасов, Костенко, Попович и Пукач вывели Гонгадзе, сняли с него куртку, уложили на землю и сняли с него ботинки. После этого Костенко связал верёвкой руки и ноги Гонгадзе. Пукач, Протасов и Костенко отнесли связанного Гонгадзе к выкопанной яме и уложили лицом вниз. Костенко, по указанию Пукача, обыскал Гонгадзе, забрал у него из заднего кармана ключи и передал их Пукачу.