Проте перебування у Цюріху — центрі російської політичної еміграції — сприяло поширенню в середовищі першої хвилі студенток з Російської імперії радикальних політичних ідей із подальшим «завезенням» їх на батьківщину. Щоб запобігти цьому, з 1874 р. царський уряд заборонив навчання жінок у Цюріху під загрозою неможливості надалі отримувати освіту в межах імперії.
Від публічних лекцій — до перших Вищих жіночих курсів
Водночас уряд постав перед необхідністю вирішувати питання вищої освіти жінок у межах імперії, хоча й не поспішав цього робити. Ініціатива організації окремих вищих навчальних закладів для жінок виходила від них самих та від ліберальних професорів, які підтримували ці освітні прагнення. Наприкінці 1860-х — на початку 1870-х років у більшості університетських міст проводилися цикли публічних лекцій, у тому числі спеціально для жінок, проте вони не могли забезпечити регулярного навчання. Першим закладом, побудованим за принципом системного навчання, стали Московські вищі жіночі курси, засновані у 1872 р. професором університету В. Гер’є. Ці курси мали затверджений статут, трирічний навчальний план і гуманітарне спрямування. Наступними стали подібні курси в Казані з дворічним планом навчання й нарешті, після тривалих клопотань та підготовчого процесу з боку як викладачів, так і жінок, у 1878 р. Вищі жіночі курси відкрилися в Санкт-Петербурзі та Києві. Це надихнуло прибічників жіночої освіти в інших містах — підготовка до відкриття подібних курсів розпочалася в Одесі та Харкові. В Одесі у рамках підготовки до відкриття регулярних Вищих жіночих курсів професор О. Трачевський відкрив підготовчі курси, які користувалися популярністю в жінок. Та попри численні клопотання, готовність професорів і підтримку громадськості цим намірам не судилося здійснитися, адже уряд не бажав значного поширення вищої жіночої освіти. Проти неї висували різні аргументи, у тому числі «науково обґрунтовані». Противники вважали наукову освіту жінок неприродною, такою, що відволікає жінку від її звичної ролі дружини та матері, розбещує її. Але головною небезпекою, на думку уряду, було поширення політичних ідей, яке стійко асоціювали з освітою. Тож у XIX ст. у Російській імперії було дозволено відкриття лише чотирьох Вищих жіночих курсів і тільки один такий заклад — Київські ВЖК — діяв в Україні.
Таким чином, створення Вищих жіночих курсів стало певним компромісом: уряд дозволяв їхнє відкриття, проте розглядав це як вимушену поступку й не гарантував таким закладам жодних прав. Понад те, усю відповідальність за їхню організацію та діяльність покладали на професорів, а матеріальну підтримку — також на громадськість, адже фінансової допомоги від держави ці приватні заклади не отримували.
Первісно на Вищих жіночих курсах у Києві було передбачено дворічний курс навчання, проте внаслідок численних клопотань з боку їхнього засновника професора С. Гогоцького та його заступника В. Антоновича вдалося подовжити термін навчання до трьох, а потім і до чотирьох років. Уже перший випуск слухачок (1882) пройшов повний чотирирічний курс, який на одному з двох, історико-філологічному, відділенні був наближений до університетського. На фізико-математичному відділенні через брак знань, отриманих курсистками у середній школі, навчальний курс фактично був перехідною сходинкою між гімназією та університетом. Складність навчання, невизначеність статусу курсів — які, попри усі намагання, так і не отримали для випускниць викладацьких прав, ширших за ті, які дівчата здобували в педагогічних класах гімназій, — призвели до скорочення кількості курсисток. Тому через малу чисельність слухачок у 1886 р. було вирішено закрити фізико-математичне відділення, його предмети залишилися додатковими до гуманітарного циклу. Того самого року урядовим розпорядженням набір на курси припинявся, але слухачки, які вже навчалися, могли завершити навчання, що тривало до 1889 року.