К концу мая 1919 года 63 воинских эшелона с чехословаками, численность которых уже превышала 40 тысяч человек, растянулись по железнодорожной линии от станции Ртищево под Пензой до Владивостока. То есть на расстоянии около семи тысяч километров.
Обстановка на Транссибе накалялась с каждым днём. С одной стороны, Советское правительство стремилось использовать Чехословацкий корпус как прегради для немецких и австрийских войск, начавших почти беспрепятственное продвижение на восток по территории бывшей Российской империи до Нарвы и Дона. Но не только против них, но и войск Украинской народной республики. С другой стороны, местные Советы, по указаниям из Москвы, старались разоружить легионеров-чехословаков и потому всячески задерживали продвижение их эшелонов к Владивостоку.
20 мая в городе Челябинске совещание делегатов Чехословацкого корпуса приняло решение; оружия Советам не сдавать и продолжать движение эшелонов к Владивостоку. Были избраны руководящие корпусные органы: Временный исполнительный комитет Чехословацкой армии во главе с Павлу, военная коллегия и военный совет из трёх человек — подполковника Войцеховского, капитанов Гайды и Чечека.
Первое вооружённое столкновение чехословаков с красноармейцами произошло в сибирском городе Мариинске 25 мая. Мятежа корпуса против Советской власти в России можно было ещё избежать. Но в тот день чехословацкое командование перехватило категоричный приказ председателя Реввоенсовета Льва Троцкого, в котором он требовал расстреливать на месте всякого вооружённого чехословака и заключать в лагеря военнопленных весь личный состав данного корпусного эшелона.
Приказ Троцкого вызвал единодушие в действиях чехословаков, служивших теперь Антанте. Их мнение, не считая часть коммунистов-интернационалистов, услышала но телеграфу большая часть России:
— Оружия Советам не сдавать. Оно дано нам не ими. На родину пробиваться силой, если Троцкий вздумает нас разоружать и снова загонять в бараки для военнопленных.
Чехословацкий корпус, являвшийся в России частью французской армии, поднял мятеж против новой власти. Он действовал четырьмя оперативными группами: Поволжской во главе с Чечеком, Челябинской подполковника Войцеховского, Сибирской Гайды и Владивостокской, которой командовал генерал-лейтенант Дитерихс. Чехословаки силой своего оружия поддержали антибольшевистские правительства: в городе Самаре — Комуч, в городе Екатеринбурге — Временное областное правительство Урала и в городе Омске — Временное Сибирское правительство.
Ведя наступательные операции против сил Красной Армии, чехословаки захватили всю линию Транссибирской железнодорожной магистрали, многие крупные города вне её полосы, в том числе Новониколаевск, Томск, Канск, Иркутск, Красноярск и другие. В городе Казани был захвачен золотой запас России, позднее переданный правительству адмирала Колчака (так называемый «золотой эшелон»).
Чехословацкий корпус принял участие в боях с Красной Армией на стороне колчаковских войск. Однако личный состав корпуса всё настойчивее требовал от своего командования отправки на родину. По приказу военного министра правительства Чехословакии Штефаника в середине января 1919 года корпус был снят с фронта и отведён в тыл армий Верховного правителя России адмирала Колчака.
1 февраля 1919 года Чехословацкий корпус был переименован в Чехословацкую армию в России. Теперь она уже не находилась под колчаковским командовавшем, а подчинялась только верховному командованию Антанты и правительству своей страны.
Весной 1919 года союзное командование поручило чехословацким легионерам охрану железной дороги от Новониколаевска до Иркутска, Омска и Томска. В конце этого же года началась эвакуация чехословацких частей, которая проходила в условиях отступления колчаковских войск. Бывшие союзники Верховного правителя России, стремясь обезопасить себя от ударов Красной Армии, заблокировали движение эшелонов белых, нанеся им тяжёлый удар «в спину»...
Такова была история участия Чехословацкого корпуса в Гражданской войне. Легионеры, чехи и словаки, волей судьбы оставили свой след и в Забайкалье. Именно они вместе с сибирскими добровольцами «мужицкого генерала» Анатолия Пепеляева взяли у краевых город Читу, которую атаман Семёнов собственными силами взять не мог. Позднее Семёнов скажет:
— Читу я рано или поздно взял бы сам. Мне тогда надо было навести порядок в аргунских станицах. Не до города было...
— С Читой так случилось, что пепеляевцы с легионерами французской армии оказались к городу ближе. Отличились, молодцы...
— Не мои же казаки сидели в железнодорожных эшелонах, а чехословаки с генералом Пепеляевым...
В сентябре 1918 года Семёнов перевёл свой штаб со станции Маньчжурия в Читу. Резиденцией он сделал лучшую городскую гостиницу «Селект» и сразу же приступил к созданию собственной армии, объявив в Забайкальском крае о всеобщей мобилизации против большевиков. Те тогда представляли из себя партизанские отряды, которые укрывались в сибирской тайге к северу от Читы.