Объективно для В.И. Ленина и его окружения, злосчастный параграф, о том, что все назначения на командные должности на флоте должны в обязательном порядке подтверждаться Верховной морской коллегией и никем более, был открытым вызовом. Ведь этим параграфом Дыбенко фактически выводил военно-морской флот из подчинения Совнаркому. Данный факт свидетельствует о том, что выборные органы руководства флотом в конце 1917 – начале 1918 годов не только претендовали на особое независимое положение в государственной машине, но и фактически добились этого.
Предчувствуя, что это не кончится добром, ни для балтийцев, ни для самого П.Е. Дыбенко, его боевая подруга А.М. Коллонтай в те дни писала: «Дыбенко несомненный самородок, но нельзя этих буйных людей сразу делать наркомами, давать им такую власть. Они не могут понять, что можно и что нельзя. У них кружится голова».
Отныне и руководящие органы флота, и рядовые матросы, могли рассчитывать на самое предупредительное отношение со стороны Совнаркома, который не мог им ничего приказать, а мог лишь рекомендовать или просить.
В декабре 1917 года произошел случай, который лучше всего характеризовал сложившуюся ситуацию. Часть матросов-малороссов, служивших на Балтике, создало собственную Центральную украинскую раду Балтийского флота, во главе с матросом-анархистом Табуренским, и потребовали перевода их на Черноморский флот. При этом представители малороссов буквально осадили приемную Совнаркома. На переговоры к ним был отправлен А.В. Луначарский. Матросы-малороссы потребовали от него письменного решения их судьбы. Ответ был им вручен. В нем Совнарком уклончиво отписался, что народные комиссарам было бы желательно, чтобы перевод состоялся без ущерба боеспособности Балтийского флота и с согласия моряков Черноморского флота, а так же по решению «специальной смешанной комиссии». На заседании же самого Совнаркома было решено переадресовать решение данного вопроса Морской коллегии, т. к. влезать в дела ее компетенции было небезопасно.
Впрочем, тогда же В.И. Ленин пообещал лично разорвать еще один проект Дыбенко, где тот требовал (именно не просил, а требовал!) серьезных ассигнований на «образование матросов» и на содержание своего личного аппарата. Оговоримся, что в данном случае Павел Ефимович намеревался создать чуть ли не собственный Совнарком, который бы еще оплачивал Совнарком Ленина. Но в данном случае П.Е. Дыбенко не просчитал последствия своих действий и серьезно ошибся. Кроме этого он проявил политическую самостоятельность, что в большой политике второстепенным игрокам не прощается. С этого момента изгнание П.Е. Дыбенко, как из Совнаркома, так и с политического Олимпа было предопределено. Оставалось лишь дождаться удобного момента. Судя по всему, вскоре и сам Дыбенко понял, что перегнул палку. Возможно, это ему доходчиво разъяснила Коллонтай, возможно, кто-то еще.
Власть плохо действует на тех, кто слишком быстро взлетает по карьерной лестнице. В конце декабря 1917 года П.Е. Дыбенко неожиданно обвинил членов Законодательного совета морского ведомства матросов А.С. Штарева, В.Ф. Полухина и своего закадычного друга В.М. Марусева в… подпольной деятельности и подрыве своего авторитета. Обвиняемые обиделись, а А.С. Штарев заявил, в ответ на обвинения Дыбенко, что он лишь критиковал декрет «об упразднении строевых офицеров и матросов», но никакой подпольной работы не вел. Обиженный Штарев попросил вывести его из Законодательного совета. Центробалт принял резолюцию о выводе А.С. Штарева из Законодательного совета, но потребовал исчерпывающих объяснений от П.Е. Дыбенко.
К этому времени Центробалт вообще стал раздражать П.Е.Дыбенко, который решал теперь единолично все наиболее важные вопросы в столице и не стремился появляется в Гельсингфорсе с отчетом перед теми, кто его вознес на вершину власти.
11 января Центробалт принял категорическую резолюцию: «В 24 часа с получением сего постановления явиться народному комиссару т. Дыбенко в Центробалт для дачи объяснений по весьма серьезным вопросам; в случае неявки будут приняты энергичные меры». Но Дыбенко требование соратников проигнорировал.