На съезде сложил свои полномочия мертворожденный Военно-Морской революционный комитет. Вместо него, в качестве высшей власти на флоте был образован Законодательный совет морского ведомства, он же – Морская секция ВЦИК из 20 членов (13 большевиков и 7 от внепартийного блока). Законодательный совет морского ведомства, ставший преемником упраздненного Адмиралтейств-совета. По решению съезда все руководство флотами и флотилиями переходило в руки центральных комитетов флотов и флотилий. В управления и учреждения морского ведомства, на флоты и флотилии были назначены комиссары-большевики. Военно-морской ревком был упразднен. Председателем Законодательный совет морского ведомства стал матрос-большевик А.В. Баранов, позднее смененный матросом- большевиком В.Ф. Полухиным.
После этого съезд одобрил и резолюцию о новой административной организации флота, образовав Верховную Морскую Коллегию, в члены которой вошли П.Е. Дыбенко (председатель), М.В. Иванов, Ф.Ф. Раскольников и В.В. Ковальский. В некоторых источниках приводится другой состав Верховной Морской Коллегии, избранной на съезде, – П.Е. Дыбенко, М.В. Иванов, Ф.Ф. Раскольников, И.И. Вахрамеев и В.В. Ковальский. Кроме этого на Всероссийском флотском съезде было принято решение и о создании Верховной морской следственной комиссии, после чего П.Е. Дыбенко «сделал распоряжение» комиссии принять дела Главного военно-морского судного управления и Главного военно-морского суда. В состав Верховной морской следственной комиссии входили матросы Н. Куценко (впоследствии председатель), С. Медведев, С. Настюшенко В. Захаров и Т. Рвачев, тринадцать следователей и «подсобный персонал». Особенность Верховной морской следственной комиссии была в том, что она не была подотчетна наркомату юстиции.
Что же касается главной задачи, которой ставил перед собой В.И. Ленин, инициируя проведения съезда, то он ее решил, добившись от матросов клятвы в верности большевикам и неприятия других левых партий. Судя по всему, это был компромисс. В.И. Ленин закрыл глаза на то, что создавая на съезде новые законодательные и исполнительные флотские органы, матросы не скрывали, что видят их практически независимыми от Совнаркома. Действительно, сразу же после съезда «бескомпромиссные» резолюции на Балтийском флоте стали преобладать. Так представитель Балтфлота на заседании Петроградского Совета, уже на следующий день после съезда, заявил: «Мы доверяем большевикам и за ними идем, но не допустим соглашения с нашими врагами, только на словах называющих себя социалистами». Думается, что Ленин понимал, что эта победа временная. Но сейчас для него и было самым главным, выиграть время на создание и укрепление однородного большевистского правительства.
Заключительным вопросом съезда стало обсуждение действий П.Е. Дыбенко в борьбе за установление Советской власти. Тот в красках рассказал, как матросы помогли большевикам взять власть в Петрограде и как он лично остановил войска генерала П.Н. Краснова. Действия Дыбенко были признаны не только правильными, но и героическими и Павел Ефимович снова сорвал аплодисменты делегатов.
Если В.И. Ленин на съезде успешно решил главный для него на тот момент вопрос, то, П.Е. Дыбенко и его ближайшее окружение, заверив Ильича в согласии на однопартийное правительство, и фактически предав левых эсеров и их многочисленных сторонников, решили свой. На съезде был сделан серьезный шаг в деле превращения Морского ведомства в своеобразное государство в государстве с собственной законодательной (Законодательный совет морского ведомства), исполнительной (Верховная Морская Коллегия) и судебной властью (Верховная морская следственная комиссия). Себя же П.Е. Дыбенко позиционировал как главного матросского вождя и самостоятельного политика, равного В.И. Ленину. Так как деятельность Военно-Морского революционного комитета прекратилась, наиболее проверенные матросы-большевики из его состава: Д.Н. Марулин, В.П. Евдокимов, В.П. Понкайтис, Л.С. Штарев, Ф.С. Аверичкин, В.М. Марусев и В.Ф. Полухин сразу же были назначены комиссарами управлений и учреждений Морского генерального штаба, главного управления личного состава, главного управления кораблестроения, хозяйственного, гидрографического и ряда других управлений. Там они установили полный контроль за оперативной и хозяйственной деятельностью всего аппарата министерства. Отныне без их подписи ни одно распоряжение не считалось действительным. Во всех центральных учреждениях была проведена чистка чиновников.