В первые дни после Всероссийского флотского съезда П.Е. Дыбенко открыто заявлял, что «комиссии, подготовлявшие различные проекты положений, пытались после съезда образовать нечто вроде верховного флотского парламента». Разумеется, вопрос о границах полномочий новых флотских органов, а также о степени их подчиненности высшим государственным учреждениям Советской России оставался в значительной мере открытым. Сам П.Е. Дыбенко, видимо, был склонен считать себя главой совершенно самостоятельного ведомства, мало чем связанного с центральной властью, главным матросским вождем и самостоятельным политиком, равным В.И. Ленину.
Более того, Совнарком оказывался, по сути, должником военно-морского флота, сыгравшего такую важную роль в вооруженном восстании в Петрограде и в установлении Советской власти на местах.
С 6 декабря 1917 года на всех флотах и флотилиях упразднялись должности командующих. Отныне управление флотами переходило в ведение Центральных комитетов морей (флотов). На Балтике общее руководство флотом взял на себя Центробалт в лице его председателя, члена всех первых четырех созывов Н.Ф. Измайлова, и заведующего военным отделом Центробалта контр-адмирала А.А. Ружека, исполнявшего одновременно функции командующего флотом и начальника штаба флота вплоть до 21 марта 1918 года, когда был уволен с флота.
Надо ли говорить, что Верховная Морская Коллегия сразу же развила лихорадочную деятельность по демократизации флотских порядков и увеличению самостоятельности от Совнаркома. 15 декабря был подписан декрет «Об уравнении в правах всех военнослужащих», который предусматривал отмену военных званий и чинов, орденов и денщиков. Данный декрет не вызвал, однако, массового бегства офицеров с флота. Случаи отказа от службы офицеров были единичными. Так с заявлением о невозможности служить при новых условиях, выступили капитан 1 ранга К.В. Шевелев 1-й, капитан 2 ранга Д.И. Дараган и мичман П.Н. Вейстенгоф. При этом К.В. Шевелев ссылался на переход власти в руки людей малоопытных и малообразованных, а Д.И. Дараган и П.Н. Вейстенгоф в своих рапортах заявили о том, что не могут смириться с «продажей родины и флота». 18 декабря публикуется «Положение о выборном начале во флоте и морском ведомстве». 19 декабря Верховная морская коллегия упразднила выдачу денежных наград. Сделано это было по этическим соображениям, поскольку выдача наград деньгами матросы объявили унизительным для сознательных революционеров. В конце 1917 года в матросской среде бытовало мнение, что любые поощрения должны быть сведены к словесной похвале и не иметь никакого материального эквивалента, т. к. последний следует воспринимать как подкуп. Впрочем, это настроение или увлечение прошло довольно быстро, и в дальнейшем моральное и материальное поощрение дополняли друг друга. 20 декабря создается Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем при Совете народных комиссаров РСФСР (ВЧК). Но матросам в декабре 1917 года на ВЧК было наплевать. Из воспоминаний капитана 2 ранга Ф.Ф. Рейнгарда: «В тюрьме сидел мичман Воейков, которого любили матросы. Узнав о его аресте, они приехали с грузовиком, вооруженным пулеметами, освободили и увезли к себе. Матросы «Александра II», узнав о моем аресте, тоже приезжали и требовали моего освобождения». Вот так, просто приехали к чекистам, навели на них пулемет и те, не смея перечить, тут же исполнили все матросские требования.