17 января 1918 года Законодательный совет морского ведомства заслушал доклад П.Е. Дыбенко о необходимости реорганизации Верховной морской коллегии «вследствие ее нежизнеспособности и неправильной конструкции». Тогда же было принято решение Морское министерство впредь именовать Морским комиссариатом. Наркомом по морским делам отныне официально становился П.Е. Дыбенко, а в Верховную морскую коллегию были избраны матросы И. Салтыков, Буданов и Рыбьяков. 29 декабря начала работу Всероссийская военно-морская конференция, собранная по инициативе Центробалта, а не Совнаркома. Сенсация произошла в первый же день, когда делегаты практически единогласно отказались выбрать В.И. Ленина почетным членом конференции, а П.Е. Дыбенко – ее почетным председателем. Участники конференции заявили, что отказываются участвовать в политических играх большевиков. Вместо этого конференция занялась вопросами финансирования и демобилизации флота, проектами его нового устройства на вольнонаемных началах, демонстрируя при этом полное игнорирование власти. Грозила повториться ситуация весенняя ситуация с Временным правительством, которое не понравилось матросам и было ими категорически отвергнуто.
На заседание приехала большая часть членов Центробалта. Вел заседание В.И. Ленин. Первым выступал Дыбенко с докладом «О переводе военно-морского флота на добровольческое начало» (текст доклада ему писала А.М. Коллонтай). Это был сильный ход, который сразу выбил почву из-под ног у оппонентов. Особых возражений относительно нового порядка укомплектования флота ни у кого не было. Проект декрета по флоту был одобрен и принят. Учреждение нового военно-морского флота упраздняло старое морское министерство, вместо него учреждался народный комиссариат по морским делам, а верховная коллегия была переименована в коллегию Народного комиссариата по морским делам. Членами коллегии были назначены И.И. Вахрамеев, Ф.Ф. Раскольников, и С.Е. Сакс. Заметим, что теперь в состав Верховной морской коллегии входили исключительно лица назначенные Совнаркомом и поэтому ничем не обязанные Центробалту. Председателем и наркомом по морским делам был назначен П.Е. Дыбенко.
Состоявшиеся назначения возмутили членов Центробалта, которые настаивали на выборности руководства флота, а не назначении сверху. Кроме этого центробалтовцам не нравились и те, кто был назначен в новые начальники. Поэтому Центробалт принимает решение арестовать Измайлова с Блохиным. Фактически это было равносильно началу войны с Советской властью. Неизвестно как бы все обернулось, если бы неожиданно не пришло тревожное известие о быстром продвижении германских войск в Прибалтике и о готовящейся высадке немцев в Финляндии. Теперь надо было думать, уже о том, как спасти корабли в Гельсингфорсе и других финских портах. Ситуация складывалась критическая, так как перевести корабли в Кронштадт было невозможно из-за льда в Финском заливе. Всем стало уже не до внутренних распрей. Надо было спасать флот.
Назначая Дыбенко на высшую военно-морскую должность, Ильич был не так прост. Первым делом после назначения П.Е. Дыбенко на пост наркома по морским делам, он потребовал от него немедленной отправки наиболее преданных делу революции матросских отрядов в российскую глубинку, для установления там советской власти и противодействия контрреволюционерам. Этим председатель Совнаркома решал сразу две задачи: создавал предпосылки для скорейшего установления власти большевиков на местах и одновременно избавлялся от присутствия в Петрограде и Кронштадте наиболее революционизированных и преданных Центробалту матросов.
По указанию В.И. Ленина Военно-морской революционный комитет и Морская коллегия направили в хлебные районы десять отрядов матросов по 50 человек в каждом. Отряды должны были занять крупные железнодорожные станции, пристани и направлять весь хлеб в Петроград. Общее руководство этими первыми продотрядами было возложено на матроса Т. Ульянцева. Действовали матросы весьма энергично и жестко. Кроме этого отряды матросов занялись обысками петроградских хранилищ и подвалов, откуда было изъято 80 тысяч пудов муки, 50 тысяч пудов сахара и 30 тысяч пудов крупы.