Обозначенные в ст. 48 причины, вызывающие отвод судьи, распространяются и на личность следователя; он должен изложить свое мнение в письменной форме, и оно в обязательном порядке учитывается во время голосования (ст. 50).
В случае отвода члена суда его замена не обязательна, если оставшееся число членов превышает две трети от общего числа членов суда. Нельзя судить законно при наличии менее двух третей от полного числа членов.
Если какой-либо монах или клирик совершает правонарушение на Святой Горе не будучи святогорцем, в связи с этим проводится соответствующее следствие при суде второй инстанции и заведенная папка пересылается компетентной церковной власти, которой подчиняется совершивший нарушение. Святогорские суды считаются некомпетентными для проведения такого суда.
Компетентным судом по рассмотрению преступлений, за которые грозит наказание извержения из сана, является Вселенский Патриархат, которому суд второй инстанции пересылает судебную документацию, составленную на основании общих положений по судопроизводству настоящего Устава.
Обвинение против монаха выдвигается после письменной жалобы пострадавшей стороны или любого другого лица или же после независимого заявления монастырских властей, изложенного в устной форме.
Иск против какого-либо монаха от лиц, не являющихся христианами, иноверцев или раскольников, а также лиц, обвиненных в тяжких преступлениях, не принимается за исключением случаев, если эти лица являются пострадавшими. Не принимается также иск, поданный анонимно или под псевдонимом. Истец обязан подробно изложить незаконные действия обвиняемого и представить по крайней мере двух свидетелей для подтверждения.
Если иск принят, он передается (если только речь не идет о мелком нарушении, в случае которого применяется положение ст. 47) одному из начальников в суде первой инстанции или представителю суда второй инстанции после распоряжения о начале судопроизводства для проведения строгих и подробных следственных процедур с составлением письменных документов и всегда в присутствии двух монахов-свидетелей.
Истец первым вызывается на следствие, чтобы подтвердить свой иск и знание о последствиях необоснованного обвинения. После него опрашиваются предложенные истцом свидетели обвинения, затем следует защита обвиняемого и, наконец, опрос свидетелей защиты.
После окончания следствия (в соответствии с предшествующей статьей) следователь предоставляет суду, поручившему проведение этого следствия, папку с материалами дела и изложением собственного мнения, которое он составил при судопроизводстве данного дела.
Суд, которому представлена завершенная судебная документация, принимается за ее изучение и, если найдет необходимым дополнить ее, дает об этом распоряжение, указывая на недостающие материалы, в ином же случае он назначает определенную дату судебного заседания, на которое своевременно и в письменной форме вызывает обвиняемого, чтобы он явился в суд для защиты. Подтверждение своевременного вызова обвиняемого базируется на извещении о вручении обвинительного акта, в котором формулируется обвинение, из-за которого он приглашается к оправданию, и одновременно указывается точное время его явки перед судом.
Явка в суд или к следователю через представителей или уполномоченного обвиняемого не разрешается.
Вызов обвиняемых, находящихся вне пределов Святой Горы, осуществляется компетентной церковной властью. В случае неизвестности места его пребывания вызов доводится до сведения монастыря, к которому он принадлежит, и по прошествии двух месяцев от уведомления, когда вызов считается законно и своевременно доведенным до сведения обвиняемого, суд может приступить к разбирательству дела и авторитетно вынести решение.
Когда обвиняемый появляется перед судом в установленный день судебного заседания, после установления его личности зачитывается обвинительный акт, свидетельские показания и прочие соответствующие документы, а затем обвиняемый приглашается к защите, причем к устной защите может присоединить и письменную.
Не имея возможности присутствовать при опросе свидетелей, обвиняемый имеет право перед защитой, перед следователем или судом потребовать всю судебную документацию и познакомиться с ней, чтобы иметь возможность опровергнуть все пункты обвинения.
Перед Святогорским судом не принимаются в качестве свидетелей: а) нехристиане, неправославные или раскольники, б) прежде осужденные за дачу ложных показаний, в) духовники, если они связаны тайной исповеди, г) юноши, не достигшие четырнадцатилетия, и д) люди, прежде осужденные за тяжкие преступления.